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Enregistrement W2904925280 · doi:10.1038/s42003-018-0226-0

Identification of genes required for eye development by high-throughput screening of mouse knockouts

2018· article· en· W2904925280 sur OpenAlexafffund
Bret A. Moore, Brian C. Leonard, Lionel Sebbag, Sydney Edwards, Ann Cooper, Denise M. Imai, Ewan Straiton, Luís Santos, Christopher M. Reilly, Stephen M. Griffey, Lynette Bower, David Clary, Jeremy Mason, Michel J. Roux, Hamid Méziane, Yann Hérault, Anna Swan, Ruairidh King, Piia Keskivali-Bond, Lois Kelsey, Igor Vukobradovic, Dawei Qu, Ruolin Guo, Elisa Tran, Lily Morikawa, Milan Ganguly, Napoleon Law, Xueyuan Shang, Patricia Feugas, Yanchun Wang, Yingchun Zhu, Kyle Duffin, Ayexa Ramirez, Patricia Penton, Valerie Laurin, Shannon Clarke, Qing Lan, Gillian Sleep, Amie Creighton, Elsa Jacob, Ozge Danisment, Joanna Joeng, Marina Gertsenstein, Monica Pereira, Sue MacMaster, Sandra Tondat, Tracy Carroll, Jorge Cabezas, Amit Patel, Jane Hunter, Gregory B. Clark, Mohammed Bubshait, D. Craig Miller, Khondoker Sohel, Alexandr Bezginov, Matthew McKay, Kevin Peterson, Leslie O. Goodwin, Rachel Urban, Susan Kales, Rob Hallett, Dong Nguyen-Bresinsky, Timothy Leach, Audrie Seluke, Sara Perkins, Amanda Slater, Rick Bedigian, Leah Rae Donahue, Robert A. Taft, James M. Denegre, Zachery Seavey, Amelia Willett, Lindsay Bates, Leslie Haynes, Julie Creed, Catherine Witmeyer, Willson Roper, James Clark, Pamela Stanley, Samantha Burrill, Jennifer Ryan, Yuichi Obata, Masaru Tamura, Hideki Kaneda, Tamio Furuse, Kimio Kobayashi, Ikuo Miura, Ikuko Yamada, Hiroshi Masuya, Nobuhiko Tanaka, Shinya Ayabe, Atsushi Yoshiki, Valerie E. Vancollie, Francesco Chiani, Chiara Di Pietro, Gianfranco Di Segni, Olga Ermakova, Filomena Ferrara, Paolo Fruscoloni, Alessia Gambadoro, Serena Gastaldi, Elisabetta Golini, Gina La Sala, Silvia Mandillo, Daniela Marazziti, Marzia Massimi, Rafaele Matteoni, Tiziana Orsini, Miriam Pasquini, Marcello Raspa, Aline Rauch, Gianfranco Rossi, Nicoletta Rossi, Sabrina Putti, Ferdinando Scavizzi, Giuseppe D. Tocchini-Valentini, Colin McKerlie, Ann M. Flenniken, Lauryl M. J. Nutter, Zorana Berberovic, Celeste Owen, Susan Newbigging, Hibret A. Adissu, Mohammed Eskandarian, Chih‐Wei Hsu, Sowmya Kalaga, Uchechukwu Udensi, Chinwe Asomugha, Ritu Bohat, Juan Gallegos, John R. Seavitt, Jason D. Heaney, Arthur L. Beaudet, Mary E. Dickinson, Monica J. Justice, Vivek M. Philip, Vivek Kumar, Karen L. Svenson, Robert E. Braun, Sara Wells, Heather Cater, Michelle Stewart, Sharon Clementson-Mobbs, Russell Joynson, Xiang Gao, Tomohiro Suzuki, Shigeharu Wakana, Damian Smedley, Je Kyung Seong, Glauco P. Tocchini‐Valentini, Mark W. Moore, Colin Fletcher, Natasha A. Karp, Ramiro Ramírez‐Solis, Jacqueline K. White, Martin Hrabě de Angelis, Wolfgang Wurst, Sara M. Thomasy, Paul Flicek, Helen Parkinson, Steve D. M. Brown, Terrence F. Meehan, Patsy M. Nishina, Stephen A. Murray, Mark P. Krebs, Ann‐Marie Mallon, K. C. Kent Lloyd, Christopher J. Murphy, Ala Moshiri

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinal Development and Disorders
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalHospital for Sick ChildrenToronto Centre for Phenogenomics
Organismes subventionnairesCommon FundNational Cancer InstituteNational Eye InstituteNational Institute on Drug AbuseMedical Research CouncilGenome CanadaUniversity of California, DavisGovernment of CanadaPHENOMINNational Institutes of HealthOntario GenomicsNational Human Genome Research InstituteWellcome TrustRetina Research FoundationNIH Office of the DirectorFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésGene knockoutGeneBiologyPhenotypeComputational biologyCandidate geneGeneticsDiseaseIdentification (biology)Human diseaseGenetic screenBioinformaticsMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Despite advances in next generation sequencing technologies, determining the genetic basis of ocular disease remains a major challenge due to the limited access and prohibitive cost of human forward genetics. Thus, less than 4,000 genes currently have available phenotype information for any organ system. Here we report the ophthalmic findings from the International Mouse Phenotyping Consortium, a large-scale functional genetic screen with the goal of generating and phenotyping a null mutant for every mouse gene. Of 4364 genes evaluated, 347 were identified to influence ocular phenotypes, 75% of which are entirely novel in ocular pathology. This discovery greatly increases the current number of genes known to contribute to ophthalmic disease, and it is likely that many of the genes will subsequently prove to be important in human ocular development and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,321
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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