PSVIII-40 Stress alters bacterial density in the upper respiratory tract of beef calves.
Notice bibliographique
Résumé
Weaning and transportation are associated with an increased risk of bovine respiratory disease (BRD) in cattle. How these stressors increase the risk of BRD is not completely understood but dysbiosis of the upper respiratory tract (URT) microbiome is hypothesized to be one potential cause. This study explored the bacterial density dynamics in the URT of beef calves following weaning and transportation stress. Deep nasopharyngeal swabs were collected from 5- to 6-month-old beef calves [suckling/control (S, n=10), weaned/stress group 1 (W, n=10) and weaned plus transportation/stress group 2 (W+T, n=10)] before (d0) and after (d2, d4, d7, d14 and d28) subjecting to stressors. Total bacterial density and the density of Mannheimia heamolytica and Pasteurella multocida were estimated by quantitative real-time PCR. Bacterial density data were analyzed using a repeated measures experimental design with time as the repeated measurement and animal as the experimental unit. Significant temporal variations in estimated bacterial densities were observed, regardless of the treatment group. Total bacterial density was, however, significantly (P < 0.01) higher in suckling calves (log10 7.32 16S rRNA gene copy/swab) than stressed calves (W - log10 7.12 16S rRNA gene copy/swab; W+T - log10 7.18 16S rRNA gene copy/swab). In contrast, density of the potential pathogenic bacteria, M. heamolytica (S - log10 5.29 lktA gene copy/swab; W - log105.23 lktA gene copy/swab; W+T - log105.33 lktA gene copy/swab) and P. multocida (S - log105.34 16S rRNA gene copy/swab; W - log105.19 16S rRNA gene copy/swab; W+T - log105.36 16S rRNA gene copy/swab) were similar among groups. Whole genome sequencing of the URT microbiome is being completed to provide a greater understanding of URT microbiome dynamics and functional changes following stress. This knowledge will better elucidate impact of stress on the URT microbiome, especially the commensal bacteria that become opportunistic pathogens in the lung.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».