Reducing inbreeding rates with a breeding circle: Theory and practice in Veluws Heideschaap
Notice bibliographique
Résumé
Breeding circles allow genetic management in closed populations without pedigrees. In a breeding circle, breeding is split over sub-populations. Each sub-population receives breeding males from a single sub-population and supplies breeding males to one other sub-population. Donor-recipient combinations of sub-populations remain the same over time. Here, we derive inbreeding levels both mathematically and by computer simulation and compare them to actual inbreeding rates derived from DNA information in a real sheep population. In Veluws Heideschaap, a breeding circle has been in operation for over 30 years. Mathematically, starting with inbreeding levels and kinships set to zero, inbreeding rates per generation (ΔF) initially were 0.29%-0.47% within flocks but later converged to 0.18% in all flocks. When, more realistically, inbreeding levels at the start were high and kinship between flocks low, inbreeding levels immediately dropped to the kinship levels between flocks and rates more gradually converged to 0.18%. In computer simulations with overlapping generations, inbreeding levels and rates followed the same pattern, but converged to a lower ΔF of 0.12%. ΔF was determined in the real population with a 12 K SNP chip in recent generations. ΔF in the real population was 0.29%, based on markers to 0.41% per generation based on heterozygosity levels. This is two to three times the theoretically derived values. These increased rates in the real population are probably due to selection and/or the presence of dominant rams siring a disproportionate number of offspring. When these were simulated, ΔF agreed better: 0.35% for selection, 0.38% for dominant rams and 0.67% for both together. The realized inbreeding rates are a warning that in a real population inbreeding rates in a breeding circle can be higher than theoretically expected due to selection and dominant rams. Without a breeding circle, however, inbreeding rates would have been even higher.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».