Comprehensive characterization of RB1 mutant and MYCN amplified retinoblastoma cell lines
Notice bibliographique
Résumé
In retinoblastoma research tumor-derived cell lines remain an important model to investigate tumorigenesis and new therapy options, due to limited tumor material and lack of adequate animal models. A panel of 10 retinoblastoma cell lines was characterized with respect to mutation, methylation and expression of RB1 and MYCN . These established retinoblastoma cell lines represent the most frequent types of RB1 inactivation and together with the MYCN amplification status, three classes can be distinguished: RB1 mut /MYCN nonA , RB1 mut / MYCN A and RB1 wt /MYCN A . MYCN amplification was identified in five cell lines, whereby two of them, RB522 and RB3823, harbor no aberration in RB1. Targeted sequencing of 160 genes often mutated in cancer identified only few variants in tumor-associated genes other than in RB1 . None of these variants was recurrent. mRNA expression analyses of retinal markers, cell cycle regulators and members of the TP53 signaling pathway revealed a high variability between cell lines but no class-specific differences. The here presented thorough validation of retinoblastoma cell lines, including microsatellite analysis for cell line authentication, provides the basis for further in vitro studies on retinoblastoma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».