Caractérisation de l’importance clinique des rotavirus A et C dans la diarrhée des porcelets et leur excrétion jusqu’à l’âge adulte
Notice bibliographique
Résumé
Les rotavirus (RVs) sont une cause mondiale majeure de diarrhée néonatale chez une variété d’espèces animales, incluant le porc, ainsi que chez l’humain. Parmi les neuf sérogroupes de RVs (RVA à RVI) officiellement reconnus, les RVA sont considérés comme le groupe de RVs le plus important en raison de leur prévalence élevée et leur pathogénicité chez les humains ainsi que leur potentiel zoonotique fortement suspecté en lien avec le phénomène de réassortiment. Au Québec, aucune information récente n’est disponible concernant les souches de RVA en circulation chez l’espèce porcine. Par ailleurs, les RVC porcins ont été récemment étudiés dans plusieurs pays à travers le monde, révélant une implication potentielle de ces virus entériques dans les cas de diarrhées. Présentement, au Québec, les données de prévalence concernant les RVC chez le porc sont manquantes et leur caractérisation n’a pas été investiguée. La présente étude a donc évalué, sur une période de 29 mois, la prévalence et l’épidémiologie des RVA et RVC chez des porcs provenant de deux systèmes de production intégrée au Québec. Dans un premier système, l’importance clinique des RVs dans les élevages de maternité porcine a été évaluée et leur excrétion fécale jusqu’à l’âge de pré-abattage des porcs a été décrite. Pour le second système de production, la présence et la caractérisation des RVs en ferme d’engraissement porcin ont d’abord été étudiées. Par la suite, ces virus ont servi d’indicateurs de contamination virale entérique au sein de ce même système de production pré-abattage afin d’identifier des vecteurs et des réservoirs potentiels de transmission virale. Des analyses moléculaires basées sur la RT-PCR et le séquençage (Sanger et l’approche à haut débit) ont été utilisées pour détecter la présence des RVs et caractériser les génomes partiels et/ou complets afin de classifier les souches virales. Les résultats obtenus ont révélé la présence des RVA et RVC à tous les stades de production en ferme, avec une prédominance en période péri-sevrage. En maternité porcine, les RVC se sont révélés significativement associés au portrait clinique de diarrhée au niveau de la chambre (p=0.02), ce qui n’a pas été le cas pour les RVA. Les évaluations statistiques ont révélé une prévalence globale de 45.4% et 27.4% pour RVA et RVC chez le porcelet respectivement. Les analyses phylogénétiques ont démontré un changement fréquent des souches prédominantes de RVs d’un stade de production à l’autre. Dans le système de production pré-abattage, les résultats ont montré la contamination fréquente des fermes d’engraissement, des véhicules de transport animal et de la cour d’abattoir par les RVA. Une grande diversité génétique des souches de RVA a été décrite à travers les différents types d’environnements récoltés. Toutefois, des souches identiques de RVA ont pu être identifiées à partir d’échantillons de fermes, de la cour d’abattoir et des véhicules de transport d’animaux. Globalement, cette étude a permis de décrire la prévalence des RVA et RVC chez le porcelet au Québec et de caractériser les souches circulantes. Les résultats confirment l’importance des RVC comme agent causal de diarrhée chez les porcelets et décrivent, pour la première fois, des génomes complets de RVC porcins au Canada. Les résultats au niveau du système de pré-abattage suggèrent un rôle potentiel des abattoirs et des transporteurs d’animaux comme réservoirs et vecteurs de transmission pour les virus entériques. Ceux-ci pourraient contribuer à la propagation d’une contamination virale au sein d’un même système de production animale ou même entre différents systèmes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».