DNA methylation and serum total immunoglobulin E (IgE) levels: a methylome-wide association study in adults with asthma
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Asthma endotypes may be associated with specific epigenetic signatures. The identification of differentially methylated loci associated with serum total IgE levels in adults with asthma may bring further insight into asthma heterogeneity. Objective: To identify differentially methylated regions associated with serum total IgE levels in adults with asthma. Methods: DNA methylation was measured in 599 blood samples from 357 adults with asthma participating to the EGEA cohort (241 individuals had 2 samples 10 years apart) using MethylC-Capture Sequencing. After quality control, 2.8 million CpG sites were analysed. A binomial mixed model was fitted for each CpG site, considering the proportion of methylated reads weighted for sequence read coverage as the dependent variable, IgE levels (log-transformed) as the predictor, and age, sex, active smoking, and proportion of leucocytes as confounders. At loci with CpG sites showing suggestive association with IgE levels at p<10-4, we used the Comb-p method to identify differentially methylated regions (DMRs). Results: Overall, 312 CpG sites were associated with IgE levels at p<10-4, but none was significant at FDR≤5%. 11 DMRs were detected at Sidak p<0.01; one of them at 22q11 included the IL17RA gene involved in signalling in airway inflammation, while another one at 13q34 harboured the TUBGCP3 gene, previously suggested as an epigenetic mark in respiratory allergy. Conclusions: Using high-resolution methylome data, we identified DMRs associated with serum total IgE levels in adults with asthma, including biological relevant genes in the development of novel therapeutic targets or biomarkers for allergic asthma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».