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Enregistrement W2907200011 · doi:10.1101/510743

BCR analysis of single-sorted, putative IgE <sup>+</sup> memory B cells in food allergy: <i>an ephemeral existence?</i>

2019· preprint· en· W2907200011 sur OpenAlexaff
Rodrigo Jiménez‐Saiz, Yosef Ellenbogen, Kelly Bruton, Paul Spill, Doron D. Sommer, Hermenio Lima, Susan Waserman, Sarita U. Patil, Wayne G. Shreffler, Manel Jordana

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFood Allergy and Anaphylaxis Research
Établissements canadiensMcMaster UniversityMcMaster University Medical Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmunoglobulin EImmunologyFlow cytometryAllergyBiologyImmunophenotypingDiseaseAtopyAntibodyMedicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Immunoglobulin (Ig) E is the critical effector molecule in allergic reactions. Consequently, research efforts to understand the biology of IgE-expressing cells is of paramount importance. In particular, the role of IgE + memory B cells (MBCs) in the perpetuation of allergic reactivity has been the subject of intense research. Studies in mice have convincingly established that IgE + B cells are rare and transient and, therefore, an unlikely candidate to maintain allergic disease. In contrast, IgE + MBCs have been detected by flow cytometry in the sputum and peripheral blood of humans and have been proposed as a clinical marker of allergic disease. We established a method to genetically validate, at the single-cell level, the putative IgE + MBCs identified by flow cytometry from humans. We, then used this information to develop an enhanced flow cytometry protocol that more accurately identifies bona fide IgE + MBCs. We found that IgE + MBCs were detected in some patients with atopic dermatitis, but at a frequency that was ~100 times lower than previously reported. We also found that IgE + MBCs were undetectable in PBMCs from peanut allergic patients. These findings provide tools to identify bona fide IgE + MBCs, demonstrate their extreme rarity in circulation and are consistent with the lack of a central role for IgE + MBCs in the maintenance of allergic sensitivity. One Sentence Summary The frequency of IgE + MBCs in the peripheral circulation of humans is orders of magnitude lower than previously reported and comparable between allergic and healthy donors, which cautions about the clinical utility of their assessment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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