The use of whole-genome sequencing in therapeutic for decision making in patients with advanced malignancies.
Notice bibliographique
Résumé
11026 Background: We used information obtained from whole genome and transcriptome sequencing to aid in therapeutic decision-making in patients (pts) with advanced cancers. Methods: Eligible pts with incurable cancers with limited or no standard options, had several samples analyzed: a fresh tumor biopsy; a blood sample for normal comparison; and archival tumor tissue when available. Samples underwent both the Ion Torrent AmpliSeq cancer panel analysis and comprehensive DNA (80X) and RNA sequencing followed by in-depth bioinformatic analysis to identify somatic mutations, copy number alterations, structural rearrangements, and corresponding gene expression changes that may be cancer “drivers” or provide informative/diagnosticor actionable targets. Aberrant pathways were matched to drug databases and manual literature reviews were performed to identify drugs that may be useful or potentially contraindicated. A report was generated and discussed in a multidisciplinary team. Results: Between July 2012 - January 2014, 65 pts had consented (including 4 pediatrics cases) and 56 have been sequenced: 18 breast, 8 lung; 4 colorectal, 3 squamous, 3 adrenal; 2 pancreas; 2 sarcomas, 2 neurofibroma, 2 mesothelioma, and 1 of each of nasopharynx, primary unknown, CLL-peripheral mantle cell, parotid, anal, appendix, peripheral T-cell, prostate, ovary, endometrial, glioma, and leiomyoma. The median number of lines of chemo prior to sequencing was 3. The AmpliSeq panel only yielded actionable targets in 40% of cases. The full genomic data was more comprehensive about driver pathways and was informative in 70% of cases. Clinical data is available on 30 pts. In 21 pts data was actionable. In 3 pts, the diagnosis was changed and 9 pts died before the results could be used. Treatments were delivered based on the results in 8 pts, 6 (75%) of these pts derived clinical benefit from treatment based on genomic therapy. Conclusions: Whole genome sequencing based therapeutic decision-making in the management of advanced cancer is feasible. The information is more comprehensive than panels and yields clinically actionable data not identified by panel sequencing. Further studies are needed to determine the utility of this technology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».