Lung cancer susceptibility genetic variants modulate HOXB2 expression in the lung
Notice bibliographique
Résumé
The HOX genes are transcription factors that are expressed in coordinated spatiotemporal patterns to ensure normal development. Ectopic expression may instead lead to the development and progression of tumors. Genetic polymorphisms in the regions of four HOX gene clusters were tested for association with lung cancer in 420 cases and 3,151 controls. The effect of these variants on lung gene expression (expression quantitative trait loci, eQTL) was tested in a discovery set of 409 non-tumor lung samples and validated in two lung eQTL replication sets (n = 287 and 342). The expression levels of HOXB2 were evaluated at the mRNA and protein levels by quantitative real-time PCR and immunohistochemistry in paired tumor and non-tumor lung tissue samples. The most significant SNP associated with lung cancer in the HOXB cluster was rs10853100 located upstream of the HOXB cluster. HOXB2 was the top eQTL-regulated gene with several polymorphisms associated with its mRNA expression levels in lung tissue. This includes the lung cancer SNP rs10853100 that was significantly associated with HOXB2 expression (P=3.39E-7). In the lung eQTL discovery and replication sets, the lung cancer risk allele (T) for rs10853100 was associated with lower HOXB2 expression levels. In paired normal-tumor samples, HOXB2 mRNA and protein levels were significantly reduced in tumors when compared to non-tumor lung tissues. Genetic variants in the HOXB cluster may confer susceptibility to lung cancer by modulating the expression of HOXB2 in the lung.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».