EukRef‐Ciliophora: a manually curated, phylogeny‐based database of small subunit rRNA gene sequences of ciliates
Notice bibliographique
Résumé
High-throughput sequencing (HTS) surveys, among the most common approaches currently used in environmental microbiology, require reliable reference databases to be correctly interpreted. The EukRef Initiative (eukref.org) is a community effort to manually screen available small subunit (SSU) rRNA gene sequences and produce a public, high-quality and informative framework of phylogeny-based taxonomic annotations. In the context of EukRef, we present a database for the monophyletic phylum Ciliophora, one of the most complex, diverse and ubiquitous protist groups. We retrieved more than 11 500 sequences of ciliates present in GenBank (28% from identified isolates and 72% from environmental surveys). Our approach included the inference of phylogenetic trees for every ciliate lineage and produced the largest SSU rRNA tree of the phylum Ciliophora to date. We flagged approximately 750 chimeric or low-quality sequences, improved the classification of 70% of GenBank entries and enriched environmental and literature metadata by 30%. The performance of EukRef-Ciliophora is superior to the current SILVA database in classifying HTS reads from a global marine survey. Comprehensive outputs are publicly available to make the new tool a useful guide for non-specialists and a quick reference for experts.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».