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Enregistrement W2908532641 · doi:10.3390/mps2010007

A Software Architecture to Mimic a Ventricular Tachycardia in Intact Murine Hearts by Means of an All-Optical Platform

2019· article· en· W2908532641 sur OpenAlexaff
Francesco Giardini, Valentina Biasci, Marina Scardigli, Francesco S. Pavone, Gil Bub, Leonardo Sacconi

Notice bibliographique

RevueMethods and Protocols · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiquePhotoreceptor and optogenetics research
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesHorizon 2020 Framework ProgrammeRegione ToscanaEuropean CommissionEnte Cassa di Risparmio di FirenzeMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaLaserlab-Europe
Mots-clésOptogeneticsOptical mappingComputer scienceVentricular tachycardiaSoftwareComputer hardwareNeuroscienceArtificial intelligenceMedicineCardiologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Optogenetics is an emerging method that uses light to manipulate electrical activity in excitable cells exploiting the interaction between light and light-sensitive depolarizing ion channels, such as channelrhodopsin-2 (ChR2). Initially used in the neuroscience, it has been adopted in cardiac research where the expression of ChR2 in cardiac preparations allows optical pacing, resynchronization and defibrillation. Recently, optogenetics has been leveraged to manipulate cardiac electrical activity in the intact heart in real-time. This new approach was applied to simulate a re-entrant circuit across the ventricle. In this technical note, we describe the development and the implementation of a new software package for real-time optogenetic intervention. The package consists of a single LabVIEW program that simultaneously captures images at very high frame rates and delivers precisely timed optogenetic stimuli based on the content of the images. The software implementation guarantees closed-loop optical manipulation at high temporal resolution by processing the raw data in workstation memory. We demonstrate that this strategy allows the simulation of a ventricular tachycardia with high stability and with a negligible loss of data with a temporal resolution of up to 1 ms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,017

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,438
Écart entre enseignants0,380 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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