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Enregistrement W2908969299 · doi:10.1101/523654

Genetically distinct behavioral modules underlie natural variation in thermal performance curves

2019· preprint· en· W2908969299 sur OpenAlexaff
Gregory W. Stegeman, Scott E. Baird, William S. Ryu, Asher D. Cutter

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Aging, and Longevity in Model Organisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésQuantitative trait locusBiologyGenetic architectureTraitLocus (genetics)CaenorhabditisGeneticsEvolutionary biologyQuantitative geneticsInbred strainPhenotypeGenetic variationCaenorhabditis elegansGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Thermal reaction norms pervade organismal traits as stereotyped responses to temperature, a fundamental environmental input into sensory and physiological systems. Locomotory behavior represents an especially plastic read-out of animal response, with its dynamic dependence on environmental stimuli presenting a challenge for analysis and for understanding the genomic architecture of heritable variation. Here we characterize behavioral reaction norms as thermal performance curves for the nematode Caenorhabditis briggsae , using a collection of 23 wild isolate genotypes and 153 recombinant inbred lines to quantify the extent of genetic and plastic variation in locomotory behavior to temperature changes. By reducing the dimensionality of the multivariate phenotypic response with a function-valued trait framework, we identified genetically distinct behavioral modules that contribute to the heritable variation in the emergent overall behavioral thermal performance curve. Quantitative trait locus mapping isolated regions on Chromosome II associated with locomotory activity at benign temperatures and Chromosome V loci related to distinct aspects of sensitivity to high temperatures, with each quantitative trait locus explaining up to 28% of trait variation. These findings highlight how behavioral responses to environmental inputs as thermal reaction norms can evolve through independent changes to genetically distinct modular components of such complex phenotypes. Article Summary Plastic responses to environmental inputs, reaction norm phenotypes that can be summarized with parameters of fits to a mathematical function, are pervasive across diverse organismal traits and crucial to organismal fitness. We quantified the nematode Caenorhabditis briggsae ’s behavioral thermal performance curves as function-valued traits for 23 wild isolate genotypes and 153 recombinant inbred lines. We identified quantitative trait loci on multiple chromosomes that define genetically distinct behavioral modules contributing to the emergent overall behavioral thermal performance curve. These findings highlight how dynamic behavioral responses to environmental inputs can evolve through independent changes to genetically distinct modular components of such complex phenotypes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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