A topological view of human CD34+ cell state trajectories from integrated single-cell output and proteomic data
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Recent advances in single-cell molecular analytical methods and clonal growth assays are enabling more refined models of human hematopoietic lineage restriction processes to be conceptualized. Here, we report the results of integrating single-cell proteome measurements with clonally determined lymphoid, neutrophilic/monocytic, and/or erythroid progeny outputs from >1000 index-sorted CD34+ human cord blood cells in short-term cultures with and without stromal cells. Surface phenotypes of functionally examined cells were individually mapped onto a molecular landscape of the entire CD34+ compartment constructed from single-cell mass cytometric measurements of 14 cell surface markers, 20 signaling/cell cycle proteins, and 6 transcription factors in ∼300 000 cells. This analysis showed that conventionally defined subsets of CD34+ cord blood cells are heterogeneous in their functional properties, transcription factor content, and signaling activities. Importantly, this molecular heterogeneity was reduced but not eliminated in phenotypes that were found to display highly restricted lineage outputs. Integration of the complete proteomic and functional data sets obtained revealed a continuous probabilistic topology of change that includes a multiplicity of lineage restriction trajectories. Each of these reflects progressive but variable changes in the levels of specific signaling intermediates and transcription factors but shared features of decreasing quiescence. Taken together, our results suggest a model in which increasingly narrowed hematopoietic output capabilities in neonatal CD34+ cord blood cells are determined by a history of external stimulation in combination with innately programmed cell state changes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».