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Enregistrement W2909587126 · doi:10.1109/trpms.2019.2893860

Creating Robust Predictive Radiomic Models for Data From Independent Institutions Using Normalization

2019· article· en· W2909587126 sur OpenAlex
Avishek Chatterjee, Martin Vallières, Anthony Dohan, Ives R. Levesque, Yoshiko Ueno, Sameh Saif, Caroline Reinhold, Jan Seuntjens

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueIEEE Transactions on Radiation and Plasma Medical Sciences · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRadiomics and Machine Learning in Medical Imaging
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchTerry Fox Research Institute
Mots-clésNormalization (sociology)StandardizationFeature selectionArtificial intelligenceComputer sciencePattern recognition (psychology)Feature (linguistics)Data miningLogistic regressionOutlierMachine learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Purpose: The distribution of a radiomic feature can differ between two institutions due to, for example, different image acquisition parameters, imaging systems, and contouring (i.e., tumor delineation) variations between clinicians. We aimed to develop effective statistical methods to successfully apply a radiomics-based predictive model to an external dataset. Theory: Two common feature normalization methods, rescaling and standardization, were evaluated for suitability in reducing feature variability between institutions. Standardization was chosen as the preferred approach, since rescaling was more sensitive to statistical outliers, and potentially reduced the discrimination power of a feature. It was also demonstrated why a dataset needs to be balanced between positive and negative outcomes before standardization is applied to it. Methods: In this paper, the novelty and power of the developed method for improved application of radiomics models on external datasets is tied to finding the normalization transformations separately for each independent set. The clinical effectiveness of the normalization method was shown using magnetic resonance images of primary uterine adenocarcinoma. Feature selection was done using 94 samples (Institution X), and feature testing was done using 63 samples (Institution Y). The outcomes studied were lymphovascular space invasion and cancer staging. Logistic regression was used to obtain the prediction accuracy of a feature. Promising radiomic features were defined as those with AUC > 0.75 in the training set. Results: When comparing the prediction accuracy, F-score, and Matthews correlation coefficient (MCC) of promising radiomic features in the testing set with and without standardization, there was an improvement due to standardization. For cancer stage prediction, average accuracy for all promising features rose from 0.64 to 0.72, average F-score from 0.48 to 0.71, and average MCC from 0.34 to 0.44 (p <; 10 <sup xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">-5</sup> ). Furthermore, when applying standardization, the ratio of sensitivity to specificity was close to unity in the testing set, comparable to the ratio in the training set. Without standardization, this ratio deviated significantly from unity in the testing set. Conclusions: Applying feature standardization separately for each independent set using imbalance adjustments was shown to improve the predictive ability of radiomic models when applied to a dataset from an external institution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,648
Score d'incertitude au seuil0,441

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,084
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle