Biodiversity Observations Miner: A web application to unlock primary biodiversity data from published literature
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: A considerable portion of primary biodiversity data is digitally locked inside published literature which is often stored as pdf files. Large-scale approaches to biodiversity science could benefit from retrieving this information and making it digitally accessible and machine-readable. Nonetheless, the amount and diversity of digitally published literature pose many challenges for knowledge discovery and retrieval. Text mining has been extensively used for data discovery tasks in large quantities of documents. However, text mining approaches for knowledge discovery and retrieval have been limited in biodiversity science compared to other disciplines. NEW INFORMATION: This web application, written in R, allows the semi-automated discovery of punctual biodiversity observations (e.g. biotic interactions, functional or behavioural traits and natural history descriptions) associated with the scientific names present inside a corpus of scientific literature. Furthermore, BOM enable users the rapid screening of large quantities of literature based on word co-occurrences that match custom biodiversity dictionaries. This tool aims to increase the digital mobilisation of primary biodiversity data and is freely accessible via GitHub or through a web server.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,015 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,050 | 0,026 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».