A rapid method of preparing complex organohalogen extracts from avian eggs: Applications to in vitro toxicogenomics screening
Notice bibliographique
Résumé
Double-crested cormorants are piscivorous birds that breed in variably contaminated colonies across the Laurentian Great Lakes of North America. Collection and preparation of environmentally relevant extracts from eggs that contain variable concentrations of organohalogen contaminants represents a minimally invasive approach to characterize potential effects of exposure using in vitro bioassays. In the present study, a rapid, efficient lipid freeze-filtration extraction method was used to prepare extracts from double-crested cormorant eggs collected from 5 breeding colonies that had variable organohalogen contaminant burdens. Extracts, solubilized in dimethyl sulfoxide, were administered to chicken embryonic hepatocytes (CEHs) to determine effects on cell viability, 7-ethoxyresorufin-O-deethylase (EROD) activity, and messenger RNA expression using a chicken ToxChip polymerase chain reaction (PCR) array. The EROD median effect concentration (EC50) values were lower for extracts with greater organohalogen contaminant burdens and thus permitted an initial ranking of colonies based on the efficacy of eliciting an aryl hydrocarbon receptor-mediated response. The ToxChip PCR array data provided a more exhaustive, pathway-based evaluation of extract effects; variability in the transcriptomic profiles was associated with organohalogen contaminant burdens. For example, extracts from Mud Island (Detroit River, MI, USA) had among the highest organohalogen contaminant burdens and elicited a greater biochemical (EROD EC50 = 0.005) and transcriptomic response (22/43 genes altered on the array) in CEHs compared with the least contaminated site, which was Mandarte Island (BC, Canada; EROD EC50 = 0.172; 8/43 genes altered). Avian eggs represent a useful biomonitoring tool for determining complex mixture effects, and the combination of a rapid extraction method, an in vitro bioassay, and targeted endpoint evaluation (biochemical and transcriptomic) shows great promise as an environmental effects monitoring approach. Environ Toxicol Chem 2019;38:811-819. © 2019 Crown in the right of Canada. Published by Wiley Periodicals Inc. on behalf of SETAC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».