Symposium review: The genomic architecture of inbreeding: How homozygosity affects health and performance
Notice bibliographique
Résumé
Inbreeding depression is a growing concern in livestock because it can detrimentally affect animal fitness, health, and production levels. Genomic information can be used to more effectively capture variance in Mendelian sampling, thereby enabling more accurate estimation of inbreeding, but further progress is still required. The calculation of inbreeding for herd management purposes is largely still done using pedigree information only, although inbreeding coefficients calculated in this manner have been shown to be less accurate than genomic inbreeding measures. Continuous stretches of homozygous genotypes, so called runs of homozygosity, have been shown to provide a better estimate of autozygosity at the genomic level than conventional measures based on inbreeding coefficients calculated through conventional pedigree information or even genomic relationship matrices. For improved and targeted management of genomic inbreeding at the population level, the development of methods that incorporate genomic information in mate selection programs may provide a more precise tool for reducing the detrimental effects of inbreeding in dairy herds. Additionally, a better understanding of the genomic architecture of inbreeding and incorporating that knowledge into breeding programs could significantly refine current practices. Opportunities to maintain high levels of genetic progress in traits of interest while managing homozygosity and sustaining acceptable levels of heterozygosity in highly selected dairy populations exist and should be examined more closely for continued sustainability of both the dairy cattle population as well as the dairy industry. The inclusion of precise genomic measures of inbreeding, such as runs of homozygosity, inbreeding, and mating programs, may provide a path forward. In this symposium review article, we describe traditional measures of inbreeding and the recent developments made toward more precise measures of homozygosity using genomic information. The effects of homozygosity resulting from inbreeding on phenotypes, the identification and mapping of detrimental homozygosity haplotypes, management of inbreeding with genomic data, and areas in need of further research are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».