Repeatability of exercise‐induced changes in mRNA expression and technical considerations for qPCR analysis in human skeletal muscle
Notice bibliographique
Résumé
New Findings What is the central question of this study? Are individual changes in exercise‐induced mRNA expression repeatable (i.e. representative of the true response to exercise rather than random error)? What is the main finding and its importance? Exercise‐induced changes in mRNA expression are not repeatable even under identical experimental conditions, thereby challenging the use of mRNA expression as a biomarker of adaptive potential and/or individual responsiveness to exercise. Abstract It remains unknown if (1) the observed change in mRNA expression reflects an individual's true response to exercise or random (technical and/or biological) error, and (2) the individual responsiveness to exercise is protocol‐specific. We examined the repeatability of skeletal muscle PGC‐1α, PDK4, NRF‐1, VEGF‐A, HSP72 and p53 mRNA expression following two identical endurance exercise (END) bouts (END‐1, END‐2; 30 min of cycling at 65% of peak work rate (WRpeak), n = 11) and inter‐individual variability in PGC‐1α and PDK4 mRNA expression following END and sprint interval training (SIT; 8 × 20 s cycling intervals at ∼170% WRpeak, n = 10) in active young males. The repeatability of key gene analysis steps (RNA extraction, reverse transcription, qPCR) and within‐sample fibre‐type distribution (n = 8) was also determined to examine potential sources of technical error in our analyses. Despite highly repeatable exercise bout characteristics (work rate, heart rate, blood lactate; ICC > 0.71; CV < 10%; r > 0.85, P < 0.01), gene analysis steps (ICC > 0.73; CV < 24%; r > 0.75, P < 0.01), and similar group‐level changes in mRNA expression, individual changes in PGC‐1α, PDK4, VEGF‐A and p53 mRNA expression were not repeatable (ICC < 0.22; CV > 20%; r < 0.21). Fibre‐type distribution in two portions of the same muscle biopsy was highly variable and not significantly related (ICC = 0.39; CV = 26%; r = 0.37, P = 0.37). Since individual changes in mRNA expression following identical exercise bouts were not repeatable, inferences regarding individual responsiveness to END or SIT were not made. Substantial random error exists in changes in mRNA expression following acute exercise, thereby challenging the use of mRNA expression for analysing individual responsiveness to exercise.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,037 | 0,048 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».