Effects of the captive and wild environment on diversity of the gut microbiome of deer mice (<i>Peromyscus maniculatus</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Vertebrate gastrointestinal tracts have co-existed with microbes over millennia. These microbial communities provide their host with numerous benefits. However, the extent to which different environmental factors contribute to the assemblage of gut microbial communities is not fully understood. The purpose of this study was to determine how the external environment influences the development of gut microbiome communities (GMCs). Faecal samples were collected from deer mice (Peromyscus maniculatus) born and raised in captivity and the wild at approximately 3-5 weeks of age. Additional samples were collected 2 weeks later, with a subset of individuals being translocated between captive and wild environments. Microbial data were analysed using 16S rRNA next-generation Illumina HiSeq sequencing methods. GMCs of deer mice were more similar between neighbours who shared the same environment, regardless of where an individual was born, demonstrating that GMCs are significantly influenced by the surrounding environment and can rapidly change over time. Mice in natural environments contained more diverse GMCs with higher relative abundances of Ruminoccocaceae, Helicobacteraceae and Lachnospiraceae spp. Future studies should examine the fitness consequences associated with the presence/absence of microbes that are characteristic of GMCs of wild populations to gain a better understanding of environment-microbe-host evolutionary and ecological relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».