Comparative transcriptomic analysis reveals gene expression changes during early stages of <i>Plasmodiophora brassicae</i> infection in cabbage (<i>Brassica oleracea</i> var. <i>capitata</i> L.)
Notice bibliographique
Résumé
Clubroot caused by Plasmodiophora brassicae is an economically important disease of crucifer crops throughout the world and is a major threat to the quality and yield of cabbage (Brassica oleracea var. capitata L.) in China. Host resistance is essential for clubroot management. Although two cabbage lines (clubroot-resistant line CR21 and clubroot-susceptible line CS54) have been identified through screening 80 cabbage accessions, the molecular mechanisms underlying differential responses to clubroot remain elusive. Herein, RNA-seq analysis was performed to characterize the transcriptomic changes in CR21 and CS54 at 3 days after P. brassicae inoculation (DAI). In total, 1057 and 4741 differentially expressed genes (DEGs) were found in CR21 and CS54, respectively. Moreover, 541 genes were up-regulated in CR21, but showed either no significant change or were down-regulated in CS54. Gene Ontology (GO) analysis showed that most DEGs were involved in metabolism, transport, signal transduction and defence. Compared with the identified putative defence response genes in Arabidopsis thaliana, 165 resistance-related DEGs were obtained, including PAMPs-triggered immunity (PTI)-related genes and Effector-triggered-immunity (ETI)-related genes. Interestingly, the co-supported defence response DEGs contained the defence-related genes, wound response genes, RBOHB, WRKY28, TIR-NBS-LRR class (RPS4 etc.), pathogenesis-related (PR) gene (Bo7g005050), lipid transfer protein class (LTP1 etc.), plant hormone-related genes, ethylene signalling transduction (HRE1-like gene and EIN3), ABA signalling (PP2C and PYL13), and cell wall modification related genes (EXP17 and PME44, beta-1,3-glucanase and cytochrome P450 genes). Taken together, this study provided a comprehensive insight into transcriptomic responses to P. brassicae infection in two different cabbage lines, and identified several candidate genes that might contribute to clubroot resistance in cabbage and other Brassica crops.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».