Prevalence, risk factors, and characterization of multidrug resistant and extended spectrum β-lactamase/AmpC β-lactamase producing <i>Escherichia coli</i> in healthy horses in France in 2015
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Although antimicrobial resistance is increasingly common in equine medicine, molecular and epidemiological data remains scarce. OBJECTIVES: We estimated the prevalence of, and risk factors for, shedding of multidrug resistant (MDR), extended spectrum β-lactamase (ESBL)-producing, and AmpC β-lactamase-producing, or some combination of these in Escherichia coli in horses in France. We characterized ESBL/AmpC isolates for antimicrobial susceptibility and the presence of virulence and ESBL/AmpC-associated resistance genes. ANIMALS: Fecal samples from healthy adult horses at 41 premises were collected. A questionnaire was completed by each premises manager. A subset of these samples was tested to build 2 bacterial collections. METHODS: Indicator (without enrichment) and specific (enrichment with ceftriaxone) E. coli tested for antimicrobial susceptibility. Prevalence of isolates nonsusceptible to antimicrobials was estimated at the horse and the premises level. The ESBL/AmpC and virulence genes were identified by PCR. Multivariable logistic regression was used to investigate risk factors for MDR and ESBL/AmpC isolates at premises. RESULTS: . Virulence gene iutA was identified in 1 ESBL/AmpC-producing isolate. Medical treatment, staff numbers, and activity were identified as risk factors for housing horses shedding ESBL/AmpC-producing E. coli isolates. CONCLUSIONS AND CLINICAL IMPORTANCE: Prevalence of healthy horses harboring ESBL/AmpC genes and MDR isolates in their intestinal microbiota is substantial. Risk factors could be used to elaborate guidelines to prevent their dissemination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».