An ontological foundation for ocular phenotypes and rare eye diseases
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The optical accessibility of the eye and technological advances in ophthalmic diagnostics have put ophthalmology at the forefront of data-driven medicine. The focus of this study is rare eye disorders, a group of conditions whose clinical heterogeneity and geographic dispersion make data-driven, evidence-based practice particularly challenging. Inter-institutional collaboration and information sharing is crucial but the lack of standardised terminology poses an important barrier. Ontologies are computational tools that include sets of vocabulary terms arranged in hierarchical structures. They can be used to provide robust terminology standards and to enhance data interoperability. Here, we discuss the development of the ophthalmology-related component of two well-established biomedical ontologies, the Human Phenotype Ontology (HPO; includes signs, symptoms and investigation findings) and the Orphanet Rare Disease Ontology (ORDO; includes rare disease nomenclature/nosology). METHODS: A variety of approaches were used including automated matching to existing resources and extensive manual curation. To achieve the latter, a study group including clinicians, patient representatives and ontology developers from 17 countries was formed. A broad range of terms was discussed and validated during a dedicated workshop attended by 60 members of the group. RESULTS: A comprehensive, structured and well-defined set of terms has been agreed on including 1106 terms relating to ocular phenotypes (HPO) and 1202 terms relating to rare eye disease nomenclature (ORDO). These terms and their relevant annotations can be accessed in http://www.human-phenotype-ontology.org/ and http://www.orpha.net/ ; comments, corrections, suggestions and requests for new terms can be made through these websites. This is an ongoing, community-driven endeavour and both HPO and ORDO are regularly updated. CONCLUSIONS: To our knowledge, this is the first effort of such scale to provide terminology standards for the rare eye disease community. We hope that this work will not only improve coding and standardise information exchange in clinical care and research, but also it will catalyse the transition to an evidence-based precision ophthalmology paradigm.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle