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Enregistrement W2911530526 · doi:10.1101/528224

The two chemotaxis in <i>Caulobacter crescentus</i> operons play different roles in chemotaxis and biofilm regulation

2019· preprint· en· W2911530526 sur OpenAlexaff
Cécile Berne, Yves V. Brun

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial biofilms and quorum sensing
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNational Institutes of Health
Mots-clésCaulobacter crescentusChemotaxisHoldfastOperonCell biologyBiologyL-arabinose operonFlagellinMicrobiologyGeneGeneticsCell cycleReceptorMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT The holdfast polysaccharide adhesin is crucial for irreversible cell adhesion and biofilm formation in Caulobacter crescentus . Holdfast production is tightly controlled via developmental regulators, and environmental and physical signals. Here we identified a novel mechanism of holdfast production regulation that involves chemotaxis proteins. We characterized the two identified chemotaxis operons of C. crescentus and showed that only the previously characterized, major operon is involved in chemotactic response towards different carbon sources. However, both chemotaxis operons encoded in the C. crescentus genome play a role in biofilm formation and holdfast production, by regulating the expression of hfiA , the gene encoding the holdfast inhibitor HfiA. We show that CheA and CheB proteins act in an antagonistic manner: while the two CheA proteins negatively regulate hfiA expression, the CheB proteins are positive regulators, thus providing a modulation of holdfast synthesis and surface attachment. IMPORTANCE Chemosensory pathways are major signal transduction mechanisms in bacteria. These systems are involved in chemotaxis and other cell responses to environment conditions, such as production of adhesins that enable irreversible adhesion to a surface and surface colonization. The C. crescentus genome encodes two complete chemotaxis operons. Here we characterized the second, novel chemotaxis-like operon. While only the major chemotaxis operon is involved in chemotaxis, both chemotaxis systems modulate C. crescentus adhesion by controlling expression of the holdfast synthesis inhibitor, HfiA. Thus, we identified a new level in holdfast regulation, providing new insights into the control of adhesin production that leads to the formation of biofilms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,199 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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