Genomic comparison of facultatively anaerobic and obligatory aerobic <i>Caldibacillus debilis</i> strains GB1 and Tf helps explain physiological differences
Notice bibliographique
Résumé
Caldibacillus debilis strains GB1 and Tf display distinct phenotypes. Caldibacillus debilis GB1 is capable of anaerobic growth and can synthesize ethanol while C. debilis Tf cannot. Comparison of the GB1 and Tf genome sequences revealed that the genomes were highly similar in gene content and showed a high level of synteny. At the genome scale, there were several large sections of DNA that appeared to be from lateral gene transfer into the GB1 genome. Tf did have unique genetic content but at a much smaller scale: 300 genes in Tf verses 857 genes in GB1 that matched at ≤90% sequence similarity. Gene complement and copy number of genes for the glycolysis, tricarboxylic acid cycle, and electron transport chain pathways were identical in both strains. While Tf is an obligate aerobe, it possesses the gene complement for an anaerobic lifestyle (ldh, ak, pta, adhE, pfl). As a species, other strains of C. debilis should be expected to have the potential for anaerobic growth. Assaying the whole cell lysate for alcohol dehydrogenase activity revealed an approximately 2-fold increase in the enzymatic activity in GB1 when compared with Tf.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».