A study to define the microbiome of the asthmatic airway
Notice bibliographique
Résumé
Background: Asthma is generally well controlled but there is a subpopulation that remains uncontrolled. Recent research has shown that the airway is no longer sterile and has its own microbiome. The aim of our study was to characterise the lower airway microbiota in a cohort of well-defined asthmatics of varying disease severity and by doing so potentially identify alternate therapy strategies. Methods: We recruited 76 patients, stratified by asthma severity to our study (36% GINA 1 and 2; 22% GINA 3 and 42% GINA 4,5). All patients had a detailed clinical evaluation including ACQ-7, spirometry, and eosinophil levels prior to proceeding to bronchoscopy with bronchoalveolar lavage (BAL). Cell differential was performed on BAL, which was further evaluated for the presence of microbes using quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Results: Microscopic evaluation of patient BAL demonstrated BAL macrophages (95%) containing numerous microbial species. qPCR demonstrated the presence of bacterial DNA in 71.8% of patients. Analysis found a significant difference between 16sDNA when patients were categorized as having BAL neutrophilia (>3%), (p<0.05). No significant difference was seen when analysed according to BAL eosinophilia. Similarly there was no observable effect of asthma severity (GINA category) or asthma control (ACQ score) on total 16sDNA or total bacteria seen. BAL interleukin-8 was shown to have no relationship with 16sDNA but did show significant correlation with percentage BAL neutrophil count (p<0.05). Conclusions: Our results suggest that BAL neutrophilia is associated with the presence of microbes as well as markers of inflammation. These findings may prove a useful tool in future therapeutic strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».