MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2911917411 · doi:10.1128/jcm.01724-18

Multilocus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis of Clostridioides difficile Clusters in Ribotype 027 Isolates and Lack of Association with Clinical Outcomes

2019· article· en· W2911917411 sur OpenAlexafffundabout
Julian R. Garneau, Claire Nour Abou Chakra, Louis‐Charles Fortier, Annie‐Claude Labbé, Andrew E. Simor, Wayne L. Gold, Matthew Muller, Allison McGeer, Jeff Powis, Kevin Katz, Louis Valiquette

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Microbiology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueClostridium difficile and Clostridium perfringens research
Établissements canadiensSt. Michael's HospitalNorth York General HospitalSunnybrook Health Science CentreMount Sinai HospitalHealth Sciences CentreCentre intégré universitaire de santé et de services sociaux de l'Est-de-l'Île-de-MontréalToronto East General HospitalToronto General HospitalCentre Intégré Universitaire de Santé et de Services Sociaux du Centre-Sud-de-l'Île-de-MontréalUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchGovernment of Canada
Mots-clésClostridioidesClostridium difficileVariable number tandem repeatBiologyMultilocus sequence typingGeneticsMicrobiologyGenotypeAntibioticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

= 450). Complicated CDI (cCDI) was defined by the occurrence of any of admission to an intensive care unit, colonic perforation, toxic megacolon, colectomy, and if CDI was the cause or contributed to death within 30 days after enrollment. Three major MLVA clusters were identified, MC-1, MC-3, and MC-10. MC-1 and MC-3 were exclusive to Quebec centers, while MC-10 was found only in Ontario. Fewer cases infected with MC-1 developed cCDI (4%) than those infected with MC-3 and MC-10 (15% and 16%, respectively), but a statistically significant difference was not reached. Our data did not identify a clear association between subpopulations of R027 and different clinical outcomes; however, the data confirmed the utility of MLVA's higher discrimination potential to better characterize CDI populations in an epidemiological analysis. For a patient with CDI, the progression toward an unfavorable outcome is a complex process that probably includes several interrelated strain and host characteristics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,028
Score d'incertitude au seuil0,056

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,050
Tête enseignante GPT0,401
Écart entre enseignants0,351 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Clinical MicrobiologyMême sujetClostridium difficile and Clostridium perfringens researchTravaux en français237 207