Annual bacterial community cycle in a seasonally ice‐covered river reflects environmental and climatic conditions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bacteria are key players in biogeochemical cycles and control water quality in freshwater ecosystems. Nevertheless, little is known about the identity and ecology of riverine bacteria, especially during ice‐covered periods that are often mistakenly perceived as periods with negligible biological activities. Here, we analyzed in detail the effects of environmental and climatic conditions on freshwater bacterial community structure and diversity over a 2‐yr sampling campaign, targeting a seasonally ice‐covered river of the Quebec City (Canada) area, the Saint‐Charles River. Quantitative polymerase chain reaction and 16S ribosomal RNA gene high‐throughput sequencing demonstrated a strong seasonal cycle of the bacterial community composition with rapid successions of bacterial lineages, reflecting the harsh climatic condition of the region. During the summer, the bacterial community was dominated by typical freshwater microorganisms such as Limnohabitans , Sporichthyaceae hgcI/acI clade, and Pseudarcicella . In contrast, the results suggest that during the cold season, the low water temperatures, combined with other prevailing conditions such as reduced light availability and minimal particulate inputs from the catchment, created various environmental niches for potential methanotrophic Gammaproteobacteria , such as Crenothrix and Methylobacter , other Betaproteobacteria , such as Candidatus Methylopumilus, Candidatus Nitrotoga, and Rhodoferax, as well as Verrucomicrobia and Parcubacteria . The presence of these taxa in the winter suggests active carbon, iron, and nitrogen cycling under ice, whereas summer lineages are dormant or in a phase of reduced activity. These results increase our understanding of bacterial dynamic and potential metabolic processes occurring in seasonally ice‐covered inland waters, providing evidence that winter can be an especially important period for freshwater ecological processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».