Abstract TMP107: Microbiome Signature of Cerebral Cavernous Malformation Patients
Notice bibliographique
Résumé
Background: Cerebral cavernous malformation (CCM) patients have lesions comprised of dilated capillaries in the brain. Despite the knowledge that mutations of three CCM genes can cause this disease, other genetic and environmental factors that contribute to lesion formation are likely given the highly variable disease expression. Genome-wide association studies in CCM cohorts and mouse models of CCM, both point to a role of lipopolysaccharide. Mouse studies have shown that the microbiome, particularly Gram-negative bacteria, drive CCM lesion development. These data point to a possibility that CCM disease is affected by the gut microbiome. In this study, we investigated if human CCM disease could be linked to the gut microbiome. Methods: Fecal samples from 88 CCM patients, from four sites, were assayed using 16S rRNA gene sequencing. Following taxonomic classification by exact sequence variant analysis (ESV) using DeBlur, microbiome composition was compared with those of a reference non-CCM population (n=348), or between subgroups of CCM patients based on clinical data elements. Results: Analyses of microbiome composition statistics identified bacterial ESVs belonging to Clostridiales , Lachnospiraceae, Ruminococcaceae , and the genus Bacteroides that were significantly enriched in CCM patients compared to healthy controls. Within our CCM cohort, patients with germline CCM mutations had stool-associated enrichment of ESVs annotated to Clostridiales, and the genera Bacteroides and Prevotella , when compared to sporadic CCM patients, while patients with CCM1 and CCM2 mutations had different proportions of Clostridiales, Lachnospiraceae, and the genus Ruminococcus . Furthermore, Lachnospiraceae and Bacteroides proportions differentiated disease aggressiveness (All p<0.05, false discovery rate corrected). Conclusions: These data are the first to show that CCM patients have a distinct microbiome signature. Germline mutation and disease aggressiveness can correlate with further unique microbiome composition. This study supports further investigation into the mechanistic link between CCM disease and the microbiome. This will enhance our understanding of the brain-gut axis in CCM disease and the use of microbiome as a therapeutic target.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».