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Enregistrement W2912531399 · doi:10.1107/s010876731809880x

Using the 3D structures of the viral proteinases of porcine epidemic diarrhoea virus (PEDV) to design anti-PEDV drugs

2018· article· en· W2912531399 sur OpenAlexaff
Tooba Naz Shamsi, Michael N.G. James

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section A Foundations and Advances · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueAnimal Virus Infections Studies
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésVirologyPorcine epidemic diarrhea virusVirusBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is a coronavirus that causes severe diarrhoea and a high mortality rate in suckling piglets. Traditional antiviral measures such as vaccinations have not shown sufficient effectiveness in protecting piglets against PEDV infection. Given its important role in viral polyprotein processing, the PEDV 3C-like proteinase (3CL pro ) may be a potential target for the development of antiviral drugs adopting a structure-guided approach. To facilitate these efforts, we have expressed, purified, and successfully crystallized a recombinant PEDV 3CL pro that presents the cognate N-and C-termini of the viral protein. In addition, we have developed an in vitro enzymatic activity assay for screening anti-PEDV 3CL pro inhibitors using FRET-based peptide substrates. We are currently working to solve the 3-dimenstional structures of PEDV 3CL pro in complex with various substrate analogues and inhibitors. The structural information garnered through these studies will help shed light on the mechanisms of catalysis and inhibition as well as possible chemical modifications of the inhibitors that may improve their specificity and potency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,285
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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