Derivation and Validation of an Algorithm To Identify Helicobacter pylori Infected Patients Using Administrative Data
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: To validate VA administrative data for the diagnosis of H. pylori infected patients. Methods: National pharmacy, inpatient and outpatient administrative databases identified patients with an ICD-9 code for H. pylori (041.86) and those with prescriptions for eradication therapy from 01/01/03 to 12/31/03. Primary chart abstraction was used to confirm diagnosis of H. pylori based on antibody serology, urease breath testing, histopathology, or progress notes. Multivariable regression assessed predictors of H. pylori infection considering: prescription of eradication drug therapy, ICD-9 code, EGD procedure code, source of diagnostic code (inpatient or outpatient), age, gender and race. The c-statistic was calculated to assess the discriminant ability of the algorithm. Once derived this algorithm was validated in a cohort of patients from calendar year 2005 (N = 312). Results: The test cohort consisted of 581 patients (378 potential cases; 203 random controls) who were primarily male (94%), Caucasian (59%) and elderly (67 years [SD 10]). ICD-9 code 041.86 had the greatest positive predictive value (PPV) for H. pylori (PPV 100% if from an inpatient encounter; PPV 97.4% if from an outpatient encounter). Evidence of eradication drug therapy was associated with a PPV of 73.7% (triple therapy) and 97.7% (quadruple therapy). Multivariable regression revealed the strongest predictors to be outpatient ICD-9 code 041.86 (OR 8.1; 95% CI: 7.0–9.1); eradication drug therapy (OR 7.4; 95% CI: 6.6–8.3); EGD (OR 3.5; 95% CI: 3.3–3.6); and age ≥ 70 (OR 1.2; 95% CI: 1.1–1.4). A diagnostic algorithm including eradication drug therapy, ICD-9 diagnostic code 041.86 and age ≥ 70 yielded a c-statistic of 0.93, suggesting excellent discriminant ability. When this algorithm was tested in a validation cohort from calendar year 2005, the PPV was 97.9% with a NPV of 98.8%. Conclusion: Administrative data can be used to accurately diagnose H. pylori infected patients. The optimal diagnostic algorithm includes presence of eradication drug therapy overlapping with an outpatient ICD-9 code 041.86 among elderly adults.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,019 | 0,068 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».