Crystallisation and initial characterization of the periplasmic domain of TraG, the conjugative entry exclusion protein from the F-plasmid
Notice bibliographique
Résumé
Type IV Secretion Systems (T4SS) are a significant contributor to bacterial evolution and the emergence of antibiotic resistance as they have the unique ability of transmitting mobile DNA elements through bacterial conjugation.The F-plasmid of E. coli is representative of conjugative T4SSs found in other clinically relevant gram negative pathogens including Shigella sp., Salmonella sp., Helicobacter pylori etc. TraG is one of the largest proteins expressed from the Fplasmid and plays several roles in the conjugative process.The membrane bound N-terminal domain of TraG is involved in F-pilus synthesis, while the C-terminal periplasmic domain, denoted TraG*, is responsible for entry exclusion (Eex) and mating pair stabilization (Mps).Redundant Fplasmid transfer is prevented by Eex, which occurs when TraG in the donor cell interacts with a cognate TraS in the inner membrane of the recipient cell.Should the TraG-TraS interaction not occur, TraG then interacts with TraN within the outer membrane of donor cell to facilitate Mps; the periplasmic TraG* plays a dynamic role in the Eex/Mps checkpoint of F-mediated conjugative DNA transfer.We have recently crystallized TraG*, and present an initial characterization of the protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».