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Enregistrement W2913217261 · doi:10.1111/jse.12484

Molecular diversity of the 5S nuclear ribosomal DNA in<i>Campeiostachys</i>with<b>StHY</b>haplome constitution

2019· article· en· W2913217261 sur OpenAlexafffund
Cairong Yang, Bernard R. Baum, Douglas A. Johnson, Haiqin Zhang, Yong‐Hong Zhou

Notice bibliographique

RevueJournal of Systematics and Evolution · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesChina Scholarship CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésBiologyElymusOperational taxonomic unitRibosomal DNABotanyCladeChloroplast DNAEvolutionary biologyPhylogenetic treeGeneticsGene16S ribosomal RNAPoaceae

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract To detect the genomic constitutions and investigate the evolutionary relationships betweenCampeiostachysDrobov andElymusL. species, we have cloned and analyzed 271 5S nuclear ribosomal DNA sequences from 27 accessions of these species, mostly of Chinese origin. We identified LongH1, ShortS1, and LongY1 unit classes in nineCampeiostachysorElymusspecies. The identification of the three orthologous unit classes was confirmed by the neighbor‐joining tree of each unit class from PAUP and the phylogeny tree of three unit classes from MrBayes. The results suggested that theseElymusspecies compriseStYHhaplomes and should be included inCampeiostachys. The phylogeny tree showed a clear separation between theS1 unit class andY1 unit class. However,Y1 unit class sequences formed a sister clade to theS1 unit class, implying that although theStandYhaplomes might have some affinity, they are distinct from one another. The phylogeny tree also indicated that the five species in sect.Turczaninovia(C. dahuricavar.cylindrica,C. dahuricavar.dahurica,C. dahuricavar.tangutorum,E. purpuraristatus, andE. dahuricusTurcz. ex Griseb. var.violeusC. P. Wang & H. L. Yang) might share a more recent common ancestor, whereas the four species in sect.Elymus(C. nutans,E. breviaristatus(Keng) Keng ex Keng f.,E. sinosubmuticus(Keng) Keng f., andE. atratus(Nevski) Hand.‐Mazz.) share a close relationship. By identifying only one type of unit class for each haplome, we propose that the 5S nuclear ribosomal DNA sequences of species withinCampeiostachysmight have undergone haplome‐specific concerted evolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,167
Écart entre enseignants0,160 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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