Comprehensive Proteomic Profiling of the Brassica carinata and Triticale Mature Stigma and Pollen
Notice bibliographique
Résumé
Plant sexual reproduction commences with the interaction of the mature stigma (the receptive portion of the female reproductive organ) and the mature pollen (the male gametophyte).Proteins present at their mature developmental stages are therefore likely to reflect their upcoming reproductive roles.In this study, gel-free shotgun proteomics was used to investigate the proteomes of the mature stigma and pollen grain in two species that are highly related to Canada's most important crops.We identified 7703 and 5608 Brassica carinata stigma and pollen proteins, and 11533 and 2977 triticale stigma and pollen proteins, respectively.These represent the largest Brassicaceae and Triticeae pollen and stigma proteome datasets to date.In addition, this is the first comparative analysis of developing stigmas, and it was performed using isobaric tag for relative and absolute quantification (iTRAQ).There were 251 B. carinata proteins found to be differentially abundant during stigma maturation with 154 proteins that had increased abundance, while 97 decreased in abundance.For triticale, 647 differentially abundant stigma proteins were identified with 305 and 342 proteins increasing and decreasing in abundance respectively.A comparison of the B. carinata and triticale stigma or pollen proteomes suggested considerable functional conservation between the two species despite their very different morphology.Although the proteomes exhibited similar functional enrichment trends, both species displayed significant differences between their pollen and stigma proteomes, which reflected their functional specialization.Altogether, the results of this study represent an invaluable resource for the further study of pollen and stigma iii development and interactions, and will potentially facilitate our understanding of plant reproduction in other members of the Brassicaceae (e.g.B. napus, B. oleracea, B. rapa) and Triticeae (wheat, barley, rye).iv
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».