Do diverse antifreeze protein structures bind ice by the same mechanism?
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Antifreeze proteins (AFPs) are characterized by their capacity to adsorb to the surface of ice crystals and prevent their growth. This adsorption lowers the freezing temperature of a solution below its melting point. AFPs have independently evolved in a variety of organisms that may encounter the threat of freezing, including many species of polar fish, insects, plants and microorganisms. Despite their diverse origins and structures we suggest that all AFPs organize ice-like water patterns on one side of the protein (the icebinding site) that then bind the AFP to ice. Here, to help test this hypothesis, we have solved two AFP crystal structures. One is of Lake Ontario midge (Chironomidae) AFP, which has intermediate antifreeze activity. Previously our group modelled the midge AFP based on its sequence characteristics with the crystal structure of Tenebrio molitor AFP as a template. The midge crystal structure at 1.9 -resolution is a close match to the modelled structure and shows a 10-residue repeated solenoid fold, with 8 disulfide-bonds stabilizing the coils and 7 Tyr pointing outward from one side of the solenoid structure as a potential ice-binding site. The second protein crystal structure is from Rhagium mordax, a longhorn beetle, solved at 2.05- resolution. This AFP is hyperactive and its crystal structure resembles that of the Rhagium inquisitor ortholog in having a -solenoid fold with a wide, flat, ice-binding surface formed by four parallel rows of mainly Thr residues.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle