Do diverse antifreeze protein structures bind ice by the same mechanism?
Notice bibliographique
Résumé
Antifreeze proteins (AFPs) are characterized by their capacity to adsorb to the surface of ice crystals and prevent their growth. This adsorption lowers the freezing temperature of a solution below its melting point. AFPs have independently evolved in a variety of organisms that may encounter the threat of freezing, including many species of polar fish, insects, plants and microorganisms. Despite their diverse origins and structures we suggest that all AFPs organize ice-like water patterns on one side of the protein (the icebinding site) that then bind the AFP to ice. Here, to help test this hypothesis, we have solved two AFP crystal structures. One is of Lake Ontario midge (Chironomidae) AFP, which has intermediate antifreeze activity. Previously our group modelled the midge AFP based on its sequence characteristics with the crystal structure of Tenebrio molitor AFP as a template. The midge crystal structure at 1.9 -resolution is a close match to the modelled structure and shows a 10-residue repeated solenoid fold, with 8 disulfide-bonds stabilizing the coils and 7 Tyr pointing outward from one side of the solenoid structure as a potential ice-binding site. The second protein crystal structure is from Rhagium mordax, a longhorn beetle, solved at 2.05- resolution. This AFP is hyperactive and its crystal structure resembles that of the Rhagium inquisitor ortholog in having a -solenoid fold with a wide, flat, ice-binding surface formed by four parallel rows of mainly Thr residues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».