Complex Multi‐Enhancer Contacts Captured By Genome Architecture Mapping, A Novel Ligation‐Free Approach
Notice bibliographique
Résumé
The organization of the genome in the nucleus and the interactions of genes with their regulatory elements are key elements of transcriptional control and their disruption causes disease. Technologies based on chromosome conformation capture (3C) have profoundly expanded our understanding of the role of genome architecture in gene regulation. However, 3C‐based techniques have important limitations, many of which arise from their reliance on digestion and ligation of the interacting DNA segments. We present a new genome‐wide method, Genome Architecture Mapping (GAM) for measuring three‐dimensional chromatin topology without ligation. We use this new method to generate a genome‐wide dataset of chromatin interactions in mouse ES cells, and compare to published Hi‐C data. GAM identifies specific chromatin contacts enriched for interactions between active genes and enhancers across very large genomic distances. GAM also reveals abundant three‐way contacts genome‐wide, especially between the enhancers most highly occupied by pluripotency transcription factors and highly transcribed genomic regions. These contacts are most prominent for sequences further away from the nuclear lamina. Our results shed light on a previously inaccessible complexity in genome architecture and a major role for gene‐expression specific contacts in organizing genome architecture of mammalian nuclei. Support or Funding Information The work was supported by the Medical Research Council, UK (AP, RAB, MC, SQX, IdS, LG, ND), by the MRC‐Technology (AP, MC), by the Helmholtz Foundation (AP, MS, MB, DK), by Breast Cancer Campaign (PAWE) and by Cancer Research UK (PAWE). Work by JD and JF was supported by grants from the Canadian Institutes of Health Research (CIHR) [MOP‐86716, CAP‐120350].
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».