Open notebook science can maximize impact for rare disease projects
Notice bibliographique
Résumé
Transparency lies at the heart of the open lab notebook movement.Open notebook scientists publish laboratory experiments and findings in the public domain in real time, without restrictions or omissions.Research on rare diseases is especially amenable to the open notebook model because it can both increase scientific impact and serve as a mechanism to engage patient groups in the scientific process.Here, I outline and describe my own success with my open notebook project, LabScribbles, as well as other efforts included in the openlabnotebooks.orginitiative.The term "open notebook science" was first coined in 2006 by Professor Jean-Claude Bradley, a Canadian chemistry researcher at Drexel University.In defining the practice, Bradley said, "It is essential that all of the information available to the researchers to make their conclusions is equally available to the rest of the world" [1], meaning that the notebook must be a complete and honest representation of the scientist's findings.Despite the benefits of openly documenting research projects in real time, scientists have been slow to adopt open notebook science.Of those who have, many quickly abandon the practice or fail to update their notebook regularly or share it with restrictions.Starting my own open notebook for my postdoctoral research project was appealing for a number of reasons.I am a postdoctoral fellow at the Structural Genomics Consortium (SGC), where open science is a critical part of the laboratory ethos.SGC scientists not only make their work as open as possible through extensive data and material sharing but have also recently implemented an open publication strategy, in which all manuscripts are submitted systematically to open access preprint servers.Piloting innovative open science strategies is well supported and is encouraged for scientists working within the SGC.My particular research focus is Huntington disease (HD), a devastating inherited neurodegenerative disease.Although scientists mapped the causative mutation 25 years ago [2], successful development of disease-modifying or curative therapeutics has not materialized as hoped [3].Open science and open notebooks promise to accelerate the process of scientific discovery.I hoped that by documenting my research project through an open notebook and sharing data ahead of traditional publication timelines, I would speed up the research process for HD (Fig 1).My specific aim was to create an open and collaborative network of researchers
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,077 | 0,233 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,007 |
| Communication savante | 0,028 | 0,031 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,039 |
| Intégrité de la recherche | 0,007 | 0,011 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,185 | 0,083 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».