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Enregistrement W2914144747 · doi:10.1038/s41436-019-0433-1

Pathogenic variants in USP7 cause a neurodevelopmental disorder with speech delays, altered behavior, and neurologic anomalies

2019· article· en· W2914144747 sur OpenAlexaff
Michael D. Fountain, David S. Oleson, Megan Rech, Lara Segebrecht, Jill V. Hunter, John McCarthy, Philip J. Lupo, Manuel Holtgrewe, Rocio Moran, Jill A. Rosenfeld, Bertrand Isidor, Cédric Le Caignec, Margarita Sáenz, Robert C. Pedersen, Thomas M. Morgan, Jean P. Pfotenhauer, Fan Xia, Weimin Bi, Sung-Hae L. Kang, Ankita Patel, Ian D. Krantz, Sarah E. Raible, Wendy E. Smith, Ingrid Cristian, Erin Torti, Jane Juusola, Francisca Millan, Ingrid M. Wentzensen, Richard Person, Sébastien Küry, Stéphane Bezieau, Kévin Uguen, Claude Férec, Arnold Münnich, Mieke M. van Haelst, Klaske D. Lichtenbelt, Koen L.I. van Gassen, Tanner Hagelstrom, Aditi Chawla, Denise Perry, Ryan J. Taft, Marilyn C. Jones, Diane Masser‐Frye, David A. Dyment, Sunita Venkateswaran, Chumei Li, Luis Escobar, Denise Horn, Rebecca C. Spillmann, Loren D.M. Peña, Jolanta Wierzba, Tim M. Strom, Ilaria Parenti, Frank J. Kaiser, Nadja Ehmke, Christian P. Schaaf

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueUbiquitin and proteasome pathways
Établissements canadiensMcMaster University Medical CentreChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesCommon FundEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNIH Office of the DirectorIntellectual and Developmental Disabilities Research CenterOffice of Strategic CoordinationNational Institutes of HealthBundesministerium für Bildung und ForschungNational Human Genome Research InstituteUniversität zu Lübeck
Mots-clésHaploinsufficiencyHypotoniaExome sequencingNeurodevelopmental disorderSpeech delayAutism spectrum disorderPhenotypeAutismIntellectual disabilityMedicineGeneticsGlobal developmental delayEpilepsyBioinformaticsBiologyGenePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Haploinsufficiency of USP7, located at chromosome 16p13.2, has recently been reported in seven individuals with neurodevelopmental phenotypes, including developmental delay/intellectual disability (DD/ID), autism spectrum disorder (ASD), seizures, and hypogonadism. Further, USP7 was identified to critically incorporate into the MAGEL2-USP7-TRIM27 (MUST), such that pathogenic variants in USP7 lead to altered endosomal F-actin polymerization and dysregulated protein recycling. METHODS: We report 16 newly identified individuals with heterozygous USP7 variants, identified by genome or exome sequencing or by chromosome microarray analysis. Clinical features were evaluated by review of medical records. Additional clinical information was obtained on the seven previously reported individuals to fully elucidate the phenotypic expression associated with USP7 haploinsufficiency. RESULTS: The clinical manifestations of these 23 individuals suggest a syndrome characterized by DD/ID, hypotonia, eye anomalies,feeding difficulties, GERD, behavioral anomalies, and ASD, and more specific phenotypes of speech delays including a nonverbal phenotype and abnormal brain magnetic resonance image findings including white matter changes based on neuroradiologic examination. CONCLUSION: The consistency of clinical features among all individuals presented regardless of de novo USP7 variant type supports haploinsufficiency as a mechanism for pathogenesis and refines the clinical impact faced by affected individuals and caregivers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations81
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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