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Enregistrement W2914209001 · doi:10.1038/s41598-018-37769-z

Predicting Alzheimer’s disease progression using multi-modal deep learning approach

2019· article· en· W2914209001 sur OpenAlexafffund
Garam Lee, Kwangsik Nho, Byungkon Kang, Kyung-Ah Sohn, Dokyoon Kim, Michael W. Weiner, Paul Aisen, Ronald Petersen, Clifford R. Jack, William J. Jagust, John Q. Trojanowki, Arthur W. Toga, Laurel Beckett, Robert C. Green, Andrew J. Saykin, John C. Morris, Leslie M. Shaw, Zaven S. Khachaturian, Greg Sorensen, María C. Carrillo, Lew Kuller, Marc Raichle, Steven M. Paul, Peter J. Davies, Howard Fillit, Franz Hefti, Davie Holtzman, Marek-Marsel Mesulam, William Z. Potter, Peter J. Snyder, Tom Montine, Ronald G. Thomas, Michael Donohue, Sarah Walter, Tamie Sather, Gus Jiminez, Archana B. Balasubramanian, Jennifer Mason, Iris Sim, Danielle Harvey, Matt A. Bernstein, Nick C. Fox, Paul M. Thompson, Norbert Schuff, Charles DeCarli, Bret Borowski, Jeff Gunter, Matthew L. Senjem, Prashanthi Vemuri, David Jones, Kejal Kantarci, Chad Ward, Robert A. Koeppe, Norm Foster, Eric M. Reiman, Kewei Chen, Susan Landau, Nigel J. Cairns, Erin Householder, Lisa Taylor‐Reinwald, Virginia Lee, Magdalena Korecka, Michal Figurski, Karen Crawford, Scott Neu, Tatiana M. Foroud, Steven Potkin, Li Shen, Kelley Faber, Sungeun Kim, Lean Tha, Richard Frank, John Hsiao, Jeffrey Kaye, Joseph F. Quinn, Lisa C. Silbert, Betty Lind, Raina Carter, Sara Dolen, Beau M. Ances, Maria Carroll, Mary L. Creech, Erin Franklin, Mark A. Mintun, Stacy Schneider, Angela Oliver, Lon S. Schneider, Sonia Pawluczyk, Mauricio Beccera, Liberty Teodoro, Bryan M. Spann, James Brewer, Helen Vanderswag, Adam Fleisher, Daniel Marson, Randall Griffith, David Clark, David Geldmacher, John Brockington, Erik D. Roberson, Marissa Natelson Love, Judith L. Heidebrink, Joanne Lord, Sara S. Mason, Colleen S. Albers, David S. Knopman, Kris Johnson, Hillel Grossman, Effie Mitsis, Raj C. Shah, Leyla deToledo‐Morrell, Rachelle S. Doody, Javier Villanueva‐Meyer, Munir Chowdhury, Susan Rountree, Mimi Dang, Ranjan Duara, Daniel Varón, Maria T. Greig, Peggy Roberts, Yaakov Stern, Lawrence S. Honig, Karen L. Bell, Marilyn Albert, Chiadi U. Onyike, Daniel D’Agostino, Stephanie Kielb, James E. Galvin, Brittany Cerbone, Christina A. Michel, Dana M. Pogorelec, Henry Rusinek, Mony J. de Leon, Lidia Glodzik, Susan De Santi, Kyle Womack, Dana Mathews, Mary Quiceno, P. Murali Doraiswamy, Jeffrey R. Petrella, Salvador Borges‐Neto, Terence Z. Wong, Edward Coleman, Allan I. Levey, James J. Lah, Janet S. Cella, Jeffrey M. Burns, Russell H. Swerdlow, William M. Brooks, Steven E. Arnold, Jason Karlawish, David A. Wolk, Christopher Clark, Liana Apostolova, Kathleen Tingus, Ellen Woo, Daniel Silverman, Po H. Lu, George Bartzokis, Charles D. Smith, Gregory A. Jicha, Peter Hardy, Partha Sinha, Elizabeth Oates, Gary Conrad, Neill R. Graff‐Radford, Francine Parfitt, Tracy Kendall, Heather Johnson, Oscar L. López, MaryAnn Oakley, Donna M. Simpson, Martin R. Farlow, Ann Marie Hake, Brandy R. Matthews, Jared R. Brosch, Scott Herring, Cynthia Hunt, Anton P. Porsteinsson, Bonnie S. Goldstein, Kim Martin, Kelly M. Makino, M. Saleem Ismail, Connie Brand, Ruth A. Mulnard, Gaby Thai, Catherine Mc-Adams-Ortiz, Christopher H. van Dyck, Richard E. Carson, Martha G. MacAvoy, Pradeep Varma, Howard Chertkow, Howard Bergman, Chris Hosein, Sandra Black, Bojana Stefanovic, Curtis Caldwell, Ging‐Yuek Robin Hsiung, Howard Feldman, Benita Mudge, Michele Assaly, Elizabeth Finger, Stephen Pasternack, Irina Rachisky, Dick Trost, Andrew Kertesz, Charles Bernick, Donna Munic, Kristine Lipowski, Masandra Weintraub, Borna Bonakdarpour, Diana Kerwin, Chuang‐Kuo Wu, Nancy Johnson, Carl Sadowsky, Teresa Villena, Raymond Scott Turner, Kathleen Johnson, Brigid Reynolds, Reisa A. Sperling, Keith A. Johnson, Gad A. Marshall, Jerome A. Yesavage, Joy L. Taylor, Barton Lane, Allyson Rosen, Jared Tinklenberg, Marwan N. Sabbagh, Christine M. Belden, Sandra A. Jacobson, Sherye A. Sirrel, Neil W. Kowall, Ronald Killiany, Andrew E. Budson, Alexander Norbash, Patricia Lynn Johnson, Thomas O. Obisesan, Saba Wolday, Joanne Allard, Alan J. Lerner, Paula Ogrocki, Curtis Tatsuoka, Parianne Fatica, Evan Fletcher, Pauline Maillard, John Olichney, Owen Carmichael, Smita Kittur, Michael Borrie, T.-Y. Lee, Robert Bartha, Sterling C. Johnson, Sanjay Asthana, Cynthia M. Carlsson, Adrian Preda, Dana Nguyen, Pierre N. Tariot, Anna Burke, Nadira Trncic, Stephanie Reeder, Vernice Bates, Horacio Capote, Michelle Rainka, Douglas W. Scharre, Maria Kataki, Anahita Adeli, Earl A. Zimmerman, Dzintra Celmins, Alice D. Brown, Godfrey D. Pearlson, Karen Blank, Karen Anderson, Laura A. Flashman, Marc Seltzer, Mary L. Hynes, Robert B. Santulli, Kaycee M. Sink, Leslie Gordineer, Jeff D. Williamson, Pradeep Garg, Franklin Watkins, Brian R. Ott, Henry Querfurth, Geoffrey Tremont, Stephen Salloway, Paul Malloy, Stephen Correia, Howard J. Rosen, Bruce L. Miller, David C. Perry, Jacobo Mintzer, Kenneth Spicer, David Bachman, Stephen Pasternak, Irina Rachinsky, John Rogers, Dick Drost, Nunzio Pomara, Raymundo Hernando, Antero Sarrael, Susan K. Schultz, Laura L. Boles Ponto, Hyungsub Shim, Karen Ekstam Smith, Norman Relkin, Gloria Chaing, Michael Lin, Lisa Ravdin, Amanda Smith, Balebail Ashok Raj, Kristin Fargher

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensSt Joseph's Health CareSunnybrook Health Science CentreSt Joseph's Health CentreMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, San DiegoGenentechU.S. National Library of MedicineIXICOServierEisaiNational Center for Advancing Translational SciencesPennsylvania Department of HealthMeso Scale DiagnosticsNational Research Foundation of KoreaNorthern California Institute for Research and EducationPfizerBiogenBioClinicaMedpaceF. Hoffmann-La RocheSynarcUniversity of Southern CaliforniaNovartis Pharmaceuticals CorporationU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbAlzheimer's AssociationNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNeuroimagingCognitionDiseaseClinical trialCohortAlzheimer's diseaseMedicineArtificial intelligenceMachine learningCognitive impairmentPhysical medicine and rehabilitationComputer scienceInternal medicinePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative condition marked by a decline in cognitive functions with no validated disease modifying treatment. It is critical for timely treatment to detect AD in its earlier stage before clinical manifestation. Mild cognitive impairment (MCI) is an intermediate stage between cognitively normal older adults and AD. To predict conversion from MCI to probable AD, we applied a deep learning approach, multimodal recurrent neural network. We developed an integrative framework that combines not only cross-sectional neuroimaging biomarkers at baseline but also longitudinal cerebrospinal fluid (CSF) and cognitive performance biomarkers obtained from the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative cohort (ADNI). The proposed framework integrated longitudinal multi-domain data. Our results showed that 1) our prediction model for MCI conversion to AD yielded up to 75% accuracy (area under the curve (AUC) = 0.83) when using only single modality of data separately; and 2) our prediction model achieved the best performance with 81% accuracy (AUC = 0.86) when incorporating longitudinal multi-domain data. A multi-modal deep learning approach has potential to identify persons at risk of developing AD who might benefit most from a clinical trial or as a stratification approach within clinical trials.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,020

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,352
Écart entre enseignants0,310 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations402
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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