NMR structure of a non-conjugatable, ADP-ribosylation associated, ubiquitin-like domain from Tetrahymena thermophila polyubiquitin locus
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Ubiquitin-like domains (UbLs), in addition to being post-translationally conjugated to the target through the E1-E2-E3 enzymatic cascade, can be translated as a part of the protein they ought to regulate. As integral UbLs coexist with the rest of the protein, their structural properties can differ from canonical ubiquitin, depending on the protein context and how they interact with it. In this work, we investigate T.th-ubl5, a UbL present in a polyubiquitin locus of Tetrahymena thermophila, which is integral to an ADP-ribosyl transferase protein. Only one other co-occurrence of these two domains within the same protein has been reported. METHODS: NMR, multiple sequence alignment, MD simulations and SPR have been used to characterize the structure of T.th-ubl5, identify putative binders and experimentally test the interaction, respectively. RESULTS: Molecular dynamics simulations showed that T.th-ubl5 is unable to bind the proteasome like ubiquitin due to the lack of the conserved hydrophobic patch. Of other integral UbLs identified by structural and sequence alignment, T.th-ubl5 showed high structural and sequence resemblance with the Ras-binding epitope of FERM UbLs. SPR experiments confirmed that a strong and specific interaction occurs between T.th-ubl5 and T.th-Ras. CONCLUSION: Data indicate that T.th-ubl5 does not interact with the proteasome like ubiquitin but acts as a decoy for the recruitment of Ras protein by the ADP-ribosyl transferase domain. GENERAL SIGNIFICANCE: Mono-ADP-ribosylation of Ras proteins is known as a prerogative of bacterial toxins. T.th-ubl5 mediated recruitment of Ras highlights the possibility of an unprecedented post-translational modification with interesting implication for signalling pathways.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».