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Enregistrement W2915008717 · doi:10.1101/547885

Trace levels of peptidoglycan in serum underlie the NOD-dependent cytokine response to endoplasmic reticulum stress

2019· preprint· en· W2915008717 sur OpenAlexafffund
Raphael Molinaro, Robert Flick, Dana J. Philpott, Stephen E. Girardin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEscherichia coli research studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésThapsigarginEndoplasmic reticulumCell biologyNodBiologyPeptidoglycanBrefeldin AUnfolded protein responseIntracellularChemistryBiochemistryGolgi apparatus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract NOD1 and NOD2 are intracellular sensors of bacterial peptidoglycan that belong to the Nod-like receptor (NLR) family of innate immune proteins. In addition to their role as direct bacterial sensors, it was recently proposed that NOD proteins could detect endoplasmic reticulum (ER) stress induced by thapsigargin, an inhibitor of the sarcoplasmic or endoplasmic reticulum calcium ATPase family (SERCA) that pumps Ca 2+ into the ER, resulting in pro-inflammatory signalling. Here, we confirm that thapsigargin induces pro-inflammatory signalling in epithelial cells in a NOD-dependent manner. However, the effect was specific to thapsigargin, as tunicamycin and the subtilase cytotoxin SubAB from Shiga toxigenic Escherichia coli, which induce ER stress by other mechanisms, did not induce cytokine expression. The calcium ionophore A23187 also induced NOD-dependent signalling, and the calcium chelator BAPTA-AM blunted thapsigargin-dependent pro-inflammatory signalling, showing NOD proteins responded to a rise in intracellular Ca 2+ . Since intracellular Ca 2+ directly affects vesicular trafficking, we tested if thapsigargin-induced NOD activation required endocytosis. Our results demonstrate that both endocytosis and the addition of serum to the cell culture medium were required for thapsigargin-mediated NOD activation. Finally, we analyzed cell culture grade fetal calf serum as well as serum from laboratory mice by high-pressure liquid chromatography and mass spectrometry, and identified the presence of various peptidoglycan fragments. We propose that cellular perturbations that affect intracellular Ca 2+ can trigger internalization of peptidoglycan trace contaminants found in culture serum, thereby stimulating pro-inflammatory signalling. The presence of peptidoglycan in animal serum suggests that a homeostatic function of NOD signalling may have been previously overlooked.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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