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Enregistrement W2915293971 · doi:10.1093/aje/kwz028

The Consortium of Metabolomics Studies (COMETS): Metabolomics in 47 Prospective Cohort Studies

2019· article· en· W2915293971 sur OpenAlexaff
Bing Yu, Krista A. Zanetti, Marinella Temprosa, Demetrius Albanes, Nathan M. Appel, Clara Barrios Barrera, Yoav Ben‐Shlomo, Eric Boerwinkle, Juan P. Casas, Clary B. Clish, Caroline Dale, Abbas Dehghan, Andriy Derkach, A. Heather Eliassen, Paul Elliott, Eoin Fahy, Christian Gieger, Marc J. Gunter, Sei Harada, Tamara Harris, Deron R. Herr, David M. Herrington, Joel N. Hirschhorn, Elise Hoover, Ann W. Hsing, Mattias Johansson, Rachel S. Kelly, Chin Meng Khoo, Mika Kivimäki, Bruce S. Kristal, Claudia Langenberg, Jessica Lasky‐Su, Luca A. Lotta, Massimo Mangino, Loı̈c Le Marchand, Ewy A. Mathé, Charles E. Matthews, Cristina Menni, Lorelei A. Mucci, Rachel A. Murphy, Matej Orešič, Eric Orwoll, Jennifer Ose, Alexandre C. Pereira, Mary C. Playdon, Lucilla Poston, Jackie F. Price, Qibin Qi, Kathryn M. Rexrode, Adam Risch, Joshua N. Sampson, Wei Jie Seow, Howard D. Sesso, Svati H. Shah, Xiao‐Ou Shu, Gordon C. S. Smith, Ulla Sovio, Victoria L. Stevens, Rachael Z. Stolzenberg‐Solomon, Toru Takebayashi, Therese Tillin, Ruth C. Travis, Ioanna Tzoulaki, Cornelia M. Ulrich, Ramachandran S. Vasan, Mukesh Verma, Ying Wang, Andrew Wong, Naji Younes, Hua Zhao, Wei Zheng, Steven C. Moore

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Epidemiology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Center for Research ResourcesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Nursing ResearchNational Institute of Mental HealthOffice of Research on Women's HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Eye InstituteNational Institute on Alcohol Abuse and AlcoholismInstituto de Salud Carlos IIINational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchPublic Health EnglandHellenic Health FoundationDeutsche KrebshilfeWorld Cancer Research FundHome OfficeDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteCenter for AIDS Research, University of North Carolina at Chapel HillAlzheimer's SocietyUniversity of California, San FranciscoWorld Health OrganizationWellcome TrustCancer Research UKEuropean Regional Development FundBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute on AgingNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute for Health Research Health Protection Research UnitAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroImperial College LondonGeorgia Clinical and Translational Science AllianceNational Institute of Neurological Disorders and StrokeBritish Heart FoundationDiabetes UKNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersDeutsches KrebsforschungszentrumEuropean Commission
Mots-clésMetabolomicsMedicineInterquartile rangeDiseaseCohortBioinformaticsInternal medicineBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Consortium of Metabolomics Studies (COMETS) was established in 2014 to facilitate large-scale collaborative research on the human metabolome and its relationship with disease etiology, diagnosis, and prognosis. COMETS comprises 47 cohorts from Asia, Europe, North America, and South America that together include more than 136,000 participants with blood metabolomics data on samples collected from 1985 to 2017. Metabolomics data were provided by 17 different platforms, with the most frequently used labs being Metabolon, Inc. (14 cohorts), the Broad Institute (15 cohorts), and Nightingale Health (11 cohorts). Participants have been followed for a median of 23 years for health outcomes including death, cancer, cardiovascular disease, diabetes, and others; many of the studies are ongoing. Available exposure-related data include common clinical measurements and behavioral factors, as well as genome-wide genotype data. Two feasibility studies were conducted to evaluate the comparability of metabolomics platforms used by COMETS cohorts. The first study showed that the overlap between any 2 different laboratories ranged from 6 to 121 metabolites at 5 leading laboratories. The second study showed that the median Spearman correlation comparing 111 overlapping metabolites captured by Metabolon and the Broad Institute was 0.79 (interquartile range, 0.56-0.89).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,196
Score d'incertitude au seuil0,998

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,344
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations109
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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