Genome-wide identification and analysis of the aldehyde dehydrogenase gene superfamily in Chinese cabbage (<i>Brassica rapa</i> subsp. <i>pekinensis</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Aldehyde dehydrogenases (ALDHs) encode a class of enzymes that dehydrooxidize aldehydes into corresponding carboxylic acids, which are involved in the growth and development of plants and in the response to various biological and abiotic stresses. In this study, we identified 27 ALDH genes in the Chinese cabbage genome and grouped them into 10 different families. Chromosomal mapping revealed that, except for one gene distributed on Scaffold, the remaining 26 genes were unevenly distributed on 10 chromosomes of Chinese cabbage. Based on a comparison of the homologous relationship between BrALDHs and ALDH genes in Arabidopsis thaliana, duplicated patterns of the ALDH gene family in Chinese cabbage were analyzed. The exon–intron structures, conserved protein motifs, and phylogenetic relationship with ALDH in six other species were also predicted and analyzed. Finally, we used available RNA-Seq data and real-time quantitative PCR to analyze the expression of ALDH genes in different tissues of Chinese cabbage including the roots, stems, leaves, flowers, and siliques. The results showed the tissue specificity and differential expression in different tissues of BrALDHs. The analysis of ALDH gene transcriptome data of Chinese cabbage under different stress conditions (cold, heat, drought, and salinity) showed that the response levels of different genes varied under different stresses, suggesting the function of some genes in these processes. Details of the ALDH gene family in Chinese cabbage has enriched studies on the ALDH gene family in plants and animals and is crucial for understanding ALDH function during plant growth and development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».