Detection of Hepatitis E virus in swine using real-time RT-PCR
Notice bibliographique
Résumé
The zoonotic transmtsswn potential of Hepatitis E virus (HEY) is now widely recognized. Swine represents the main animal reservoir for this virus in many countries, including Canada. In recent years, different real-time RT-PCR assays were developed and proposed as reliable and sensitive detection methods. However, the quality of extracted RNA, presence of inhibitors and RN ase contamination of the samples may impact on the detection results obtained with these molecular methods. The aim of this study was to evaluate the use of a sample process control (SPC) within a real-time RT-PCR assay for the detection ofHEV. This TaqMan multiplex assay was afterwards used to evaluate the viral load ofHEV in organs, tissues and excreta of normal pigs at slaughter. HEY RNA was detected in at least one sample from 14 out of the 43 animals tested (32.6 %). HEV was present in lymph nodes (25.6%), bladder (23.3%), liver (20.9%), bile (18.6%), feces (13.9%), tonsils (7.0%) and plasma (2.3%) but was undetected in loins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».