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Enregistrement W2916535998 · doi:10.7287/peerj.5508v0.2/reviews/1

Peer Review #1 of "Rhizobacterial communities of five co-occurring desert halophytes (v0.2)"

2018· peer-review· en· W2916535998 sur OpenAlexfundno aff
RG Taketani

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueMicrobial Community Ecology and Physiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of British ColumbiaYale University
Mots-clésHalophyteDesert (philosophy)GeographyBiologyEcologySalinityPolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Recently, researches have begun to investigate the microbial communities associated with halophytes.Both rhizobacterial community composition and the environmental drivers of community assembly have been addressed.However, few studies have explored the structure of rhizobacterial communities associated with halophytic plants that are co-occurring in arid, salinized areas.Methods: Five halophytes were selected for study: these co-occurred in saline soils in the Ebinur Lake Nature Reserve, located at the western margin of the Gurbantunggut Desert of Northwestern China.Halophyte-associated bacterial communities were sampled, and the bacterial 16S rDNA V3-V4 region amplified and sequenced using the Illumina Miseq platform.The bacterial community diversity and structure were compared between the rhizosphere and bulk soils, as well as among the rhizosphere samples.The effects of plant species identity and soil properties on the bacterial communities were also analyzed.Results: Significant differences were observed between the rhizosphere and bulk soil bacterial communities.Diversity was higher in the rhizosphere than in the bulk soils.Abundant taxonomic groups (from phylum to genus) in the rhizosphere were much more diverse than in bulk soils.Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes and Planctomycetes were the most abundant phyla in the rhizosphere, while Proteobacteria and Firmicutes were common in bulk soils.Overall, the bacterial community composition were not significantly differentiated between the bulk soils of the five plants, but community diversity and structure differed significantly in the rhizosphere.The diversity of Halostachys caspica, Halocnemum strobilaceum and Kalidium foliatum associated communities was lower than that of Limonium gmelinii and Lycium ruthenicum communities.Furthermore, the composition of Halostachys caspica and Halocnemum strobilaceum communities was very

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Étiquettes directes de modèles (non validées)

Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.

BrasCatégoriesDevis d'étudeConfiance
gemmaaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Autre
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Sans objethigh
gptaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Autre
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Sans objethigh
modèles en accordL'accord compare des ensembles de catégories et des devis identiques entre les bras.

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,013
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,085
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Évaluation · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,987
Score d'incertitude au seuil0,945

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0130,085
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0060,005
Études des sciences et des technologies0,0060,002
Communication savante0,0110,007
Science ouverte0,0050,007
Intégrité de la recherche0,0040,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,3370,187

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,321
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Étiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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