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Enregistrement W2917569531 · doi:10.1093/ecco-jcc/jjz049

Faecal Microbiota Dynamics and their Relation to Disease Course in Crohn’s Disease

2019· article· en· W2917569531 sur OpenAlexaboutno aff
Gianluca Galazzo, Danyta I. Tedjo, D Wintjens, Paul H. M. Savelkoul, Ad Masclee, Alexander Bodelier, Marie J. Pierik, Daisy Jonkers, John Penders

Notice bibliographique

RevueJournal of Crohn s and Colitis · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMaastricht Universitair Medisch Centrum
Mots-clésExacerbationMicrobiomeDiseaseCrohn's diseaseFaecalibacterium prausnitziiSpecies richnessGut floraFecesInternal medicineDysbiosisMedicineActinomycesMetagenomicsImmunologyInflammatory bowel diseaseMicrobial population biologyBiologyGastroenterologyMicrobiologyBacteriaEcologyBioinformaticsGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Microbial shifts have been associated with disease activity in Crohn's disease [CD], but findings on specific taxa are inconsistent. This may be due to differences in applied methods and cross-sectional study designs. We prospectively examined the faecal microbiota in adult CD patients with changing or stable disease course over time. METHODS: Faeces were collected at two time-points from 15 healthy control individuals [HCs], 35 CD patients who were in remission and who maintained remission [RRs], and 22 CD patients during remission and also during subsequent exacerbation [RAs]. The microbial composition was assessed by 16S rRNA [V4] gene sequencing. RESULTS: Compared with HCs, patients with CD had a lower microbial richness [p = 0.0002] and diversity [p = 0.005]. Moreover, the microbial community structure of a subset of patients, clustered apart from HCs, was characterized by low microbial diversity and Faecalibacterium abundance. Patients within this cluster did not differ with respect to long-term disease course compared with patients with a 'healthy-appearing' microbiota.Over time, microbial richness and diversity did not change in RR versus RA patients. Although the microbial community structure of both RR and RA patients was less stable over time compared with that of HCs, no differences were observed between the patient groups [p = 0.17]; nor was the stability impacted by Montreal classification, medication use, or surgery. CONCLUSION: The altered microbiota composition and stability in CD was neither associated with disease activity nor long-term disease course, questioning its involvement in the development of an exacerbation. The aberrant microbiota composition in a subset of CD patients warrants further exploration of a more microbiota-driven etiology in this group.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,197
Score d'incertitude au seuil0,375

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations64
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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