Notice bibliographique
Résumé
The role of counterion condensation as a dominant force governing the stability of DNA duplexes and triplexes is well established. In contrast, the effect of counterion condensation on the stability of G-quadrupex conformations is poorly understood. Unlike other ordered nucleic acid structures, G-quadruplexes exhibit a specific binding of counterions (typically, Na+ or K+) which are buried inside the central cavity and coordinated to the O6 carbonyls of the guanines forming the G-quartets. While it has been known that the G-quadruplex-to-coil transition temperature, TM, increases with an increase in the concentration of the stabilizing ion, the contributions of the specific (coordination in the central cavity) and nonspecific (condensation) ion binding have not been resolved. In the first part of the work performed in this dissertation, we used G-quadruplexes formed by four different sequences derived from the human telomeric region, c-MYC, and VEGF genes to separate the two ionic contributions. We studied the change in TM of preformed G-quadruplexes following the addition of nonstabilizing ions Li+, Cs+, and TMA+ (tetramethylammonium). Our data suggest that the stabilizing action of cations on the G-quadruplex conformation is, primarily, due to the central ions which act as specifically bound ligands. Nonspecifically bound (condensed) counterions may slightly stabilize the G-quadruplex conformation or exert no influence on its stability (human telomeric G-quadruplexes) or may strongly destabilize it (c-MYC and VEGF). After investigating the salt effect in G-quadruplexes, the latter part of the thesis project was devoted to understanding the folding/unfolding transitions of i-motif, a distinct tetraplex structure formed by c-rich complementary sequences of G-quadruplexes.We described the pH-induced folding/unfolding transitions of i-motifs formed by c-MYC sequence by a linkage thermodynamics-based formalism in terms of three pKa’s of cytosines, namely, an apparent pKa in the unfolded conformation, pKau, and two apparent pKa’s in the folded state, pKaf1 and pKaf2.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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