Investigation of metal toxicity leads to the identification of novel translation associated genes in yeast (Saccharomyces cerevisiae)
Notice bibliographique
Résumé
Heavy metal and metalloid pollutants in our environment are among the most concerning types of contaminations. Major chronic diseases in humans such as renal and cardiovascular diseases, and neurological decline, are strongly associated with heavy metals and metalloids. Therefore, investigation and understanding the molecular mechanisms of cellular responses and detoxification processes that overcome the toxicity of these compounds in living organisms is very important. To date, several genes are identified to play central roles in cellular detoxification process. The expression of such genes can be influenced at both the transcriptional and/or translational levels by the heavy metals. As a fundamental step in the gene expression pathway, we focused on the regulation of translation initiation under stress imposed by heavy metals and metalloids. Although a wealth of information exists on the process of eukaryotic translation, a comprehensive understanding of regulation of translation initiation under stress conditions is lacking. The growing list of novel factors affecting this process further indicate the existence of other novel players, which are yet to be discovered. In the current study, we sought out to identify novel genes encoding regulatory factors known that affect yeast translation initiation during stress when general translation seems to be shut down. Utilizing systems biology techniques, we investigated the effect of specific gene deletions under heavy metal and metalloid conditions on the general process of translation and internal initiation of translation (an alternative mode of translation mediated by specific RNA structures). We explicitly investigated the role of four of identified potential translation regulating genes based on their activity in heavy metals and metalloids sensitivity. We also performed a high-throughput plasmid-based screening of a library of non-essential gene deletion strains (~4500), using the baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) as our model organism to identify novel genes that are involved in internal translation initiation. To this end, we identified dozens of potential novel genes that may be involved in internal translation initiation. We further investigated the role of five potential factors to support their newly identified activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».