Photoswitchable Affinity Reagents: Computational Design and Efficient Red‐Light Switching
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Photo‐controlled affinity reagents seek to provide modular spatiotemporal control of bioactivity by conferring photo‐switchability of function on an affinity reagent scaffold. Herein we used Rosetta‐based computational methods to screen for sites on the Fynomer affinity reagent structure for attachment of photoswitchable cross‐linkers. Both established UV‐based cross‐linkers (azobenzene‐iodoacetamide (IAC)) and an azonium‐based efficient red‐light‐switchable cross‐linker, piperazino‐tetra‐ ortho ‐methoxy azobenzene (PIP), were then tested experimentally. Several sites compatible with Fynomer function were identified, including sites showing rapid (<10 s) red light (633 nm) modulation of function. Although a range of overall target binding affinities were observed, the degree of photo‐switchability of Fynomer function was generally small (<twofold). Computational models suggest that local flexibility limits the degree of switching seen in these designs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».