Characterization of the otic bacterial microbiota in dogs with otitis externa compared to healthy individuals
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Otitis externa is a common multifactorial disease in dogs. The diversity of the cutaneous microbiota in dogs appears to decrease in diseased states. However, little is known about the microbiota of the canine ear and how it is altered by disease. HYPOTHESIS/OBJECTIVES: To describe the otic bacterial microbiota in dogs with otitis externa compared to healthy dogs. ANIMALS: Samples were collected from 18 dogs with clinical and cytological evidence of otitis externa, and eight clinically normal dogs without cytological evidence of otitis externa. METHODS AND MATERIALS: sequencing of the V4 hypervariable region of the 16S rRNA gene amplicons was performed. Sequences were processed using the bioinformatics software MOTHUR. RESULTS: Bacteria from 27 different phyla were identified. Affected ears had significantly decreased alpha diversity when compared to healthy ears. Community structure and membership also differed between the two groups. Linear discriminant analysis effect size analysis identified 153 operational taxonomic units (OTUs) that were differentially abundant. Eleven OTUs were over-represented in the affected ears, including Staphylococcus, Pseudomonas and Parvimonas. CONCLUSIONS: The otic bacterial microbiota is much more complex than has been identified with previous culture-based studies; otitis externa is accompanied by broad and complex differences in the microbiota.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle