Transcriptome analysis of programmed cell death associated with allorecognition in chestnut blight fungus Cryphonectria parasitica
Notice bibliographique
Résumé
In this thesis, I analysed transcriptional profiles of the chestnut blight fungus, Cryphonectria parasitica, during vegetative incompatibility (allorecognition) reactions due to differences at the vic3 locus.Out of a total 13944 identified expressed transcripts, including 2334 novel ones, only 1411 were differentially expressed during vic3 incompatibility reaction.Functional enrichment analysis showed increased expression of genes involved in detoxification and stress response (e.g.s Cytochrome p450, Glutathione S-transferase), and toxin biosynthesis.Surprisingly, even though the test strains were both the same mating type (MAT-2), genes involved in sexual reproduction (mf2-1, mf2-2 and mat-2) showed the most dramatic increase in expression during allorecognition response.Further qPCR analysis showed that activation of mating pheromone genes occurs during incompatible reactions involving five of the six known vic incompatibility loci.The only exception was vic4, which elicits a weak incompatibility and showed almost no change in pheromone gene expression.Analysis suggests that mf2-1, mf2-2 and mat-2 expression is triggered by activation of asexual sporulation.Genes encoded at the vic3 locus, vic3a and vic3b, were upregulated in barraging samples along with seven HET-domain genes located at other regions of the genome.Among the seven HET genes activated, one is located at the vic1 locus and previously implicated in vic1 incompatibility.Activation of these same HET domain genes also occurred in other vic incompatible pairings.For example, upregulation of dev3a and vic1a genes occurred during incompatibility reactions associated with each of the six known vic loci.This suggests that some HET genes serve as universal allorecognition factors.Furthermore, this data indicates that each incompatibility locus uses a set of several HET genes to iii activate Programmed Cell Death (PCD).In addition, I analysed the effects on barrage formation of p29, a protein-coding region from Cryphonectria hypovirus 1 (CHV1).Expression of p29 in C. parasitica was previously shown to delay the onset of vic3associated PCD.Results of the analysis indicated that ectopically expressed p29 does not have a strong modifying effect on gene expression in barraging strains.This study illustrates that nonself recognition is an active defence mechanism, where stress response and detoxification are combined with mycotoxins production.last 6 years couldn't have happened.You taught me how to do research and showed me what it means to be a good person.For six years working in Myron's team I was surrounded by wonderful colleagues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».